自主创新重在体制机制改革目前我国在自主创新方面还存在着不少问题，造成这些问题的缘由在根本上都涉及体制与机制问题，需要下大力量去突破这类障碍。要深化科技管理体制改革。由政府驱动型转化为企业驱动型技术创新体制，企业驱动型创新更具可持续性。由科技部门统管体制转化为科技部门协调体制，将科技行政部门确定为科技创新的政策制定、资源使用过程监督和验收部门。实现研发模式的调整，尽快建立和完善以市场需求为导向的研发模式，使之成为主导研发模式。连续强化鼓励自主创新的法制和政策环境。完善和落实有利于创新的财税和金融政策体系；加强对学问产权的疼惜和有关立法支持，建立一个较为完整的包括学问产权创立管理、疼惜和运用的体系。构建自主创新的利益鼓励机制加强政策引导，争辩和探究技术作为生产要素猎取合理酬劳的方式与手段。同时通过利益调整引导企业和个人技术创新的方向与社会需求进展相全都。逐步建立健全科技成果转化机制。要完善创新成果的评价体制和机制，立法由独立的社会专业机构依据公开、公正和公正原那么执行科技成果评价和嘉奖，由政府主管部门和公众共同依法加强监督；强化自主创新的导向机制，建立科研项目及其成果效益的公示制度，形成政府、社会和学术界多管齐下的监督机制；建立和完善科技成果转化的保险体系、效劳体系；深化研发机构改革，探究产学研结合的新体制，分类重组科研机构，优化科技资源配置。
