国家动物模型资源共享信息平台的建立_吴玥.pdf

2022 年 12 月第 30 卷 第 8 期中国实验动物学报ACTA LABORATORIUM ANIMALIS SCIENTIA SINICADecember 2022Vol.30 No.8吴玥,薛婧,魏强,等.国家动物模型资源共享信息平台的建立 J.中国实验动物学报,2022,30(8):1080-1086.Wu Y,Xue J,Wei Q,et al.Establishment of national infrastructure for an animal model resource platform J.Acta Lab Anim Sci Sin,2022,30(8):1080-1086.Doi:10.3969/j.issn.1005-4847.2022.08.009基金项目中国医学科学院医学与健康科技创新工程项目(2021-I2M-1-034),北京市自然科学基金资助项目(M21027),国家重点研发计划项目(2021YFF0702800)。Funded by CAMS Innovation Fund for Medical Sciences(2021-I2M-1-034),Beijing Natural Science Foundation(M21027),the National Key Research and Development Program of China(2021YFF0702800).作者简介吴玥(1993),女,助理研究员,研究方向:比较医学数据库建设。Email:wuyue cnilas.org通信作者孔琪(1978),男,研究员,研究方向:比较医学,生物信息学。Email:kongqi cnilas.org国家动物模型资源共享信息平台的建立吴玥,薛婧,魏强,向志光,陈禹保,孔琪(中国医学科学院医学实验动物研究所,国家人类疾病动物模型资源库,国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室,新发再发传染病动物模型研究北京市重点实验室,北京市人类重大疾病实验动物模型工程技术研究中心,北京 100021)【摘要】目的 为推动我国实验动物领域资源共享,满足不同层次、不同研究目的的需求,建立国家动物模型资源共享信息平台。方法 发布实验动物及动物模型资源征集函,广泛收集实验动物及动物模型资源,并从文献与公共数据库补充相关资源信息。结果 国家动物模型资源共享信息平台对实验动物资源、动物模型及相关产品资源信息进行系统采集和整理,涵盖实验动物资源、动物模型资源的研发、鉴定、评价和应用,以及实验动物专属试剂和仪器设备、基于实验动物的科技外包服务等。通过网络平台推动资源共享,为开展药物筛选和治疗等提供平台与数据支撑。结论 本研究团队建立了国家动物模型资源共享信息平台,提供实验动物、动物模型及相关资源数据查询、供求单位需求信息发布和详细资料展示等一站式服务,为科技创新和社会发展提供高质量的实验动物与动物模型资源共享服务。【关键词】动物模型;实验动物;资源共享;信息平台;数据库【中图分类号】Q95-33 【文献标识码】A 【文章编号】1005-4847(2022)08-1080-07Establishment of national infrastructure for an animal model resource platformWU Yue,XUE Jing,WEI Qiang,XIANG Zhiguang,CHEN Yubao,KONG Qi(Institute of Laboratory Animal Sciences,CAMS&PUMC,National Human Diseases Animal Model Resource Center,NHC Key Laboratory of Human Disease Comparative Medicine;Beijing Key Laboratory for Animal Models of Emerging and Reemerging Infectious,Beijing Engineering Research Center for Experimental Animal Models of Human Critical Diseases,Beijing 100021,China)Corresponding author:KONG Qi.E-mail:kongqi cnilas.org【Abstract】ObjectiveTo promote resource information sharing in the field of laboratory animals and meet the needs of various levels and research purposes,national infrastructure for an animal model resource platform was established to meet the needs of both the supplier and customer.MethodsWe issued a collection letter for laboratory animal and animal model resources,collected laboratory animals and animal model resources nationwide,and supplemented related resources from the literature and public databases.ResultsThe national infrastructure for an animal model resource platform systematically collected and arranged laboratory animal resources,animal models,and related product information,covering the development,identification,evaluation and application of laboratory animals and animal models,as well as exclusive reagents,instruments,and equipment for animal experiments,and science and technology outsourcing services based on animal experiments.We promoted resource sharing through the network platform and provided data support for 中国实验动物学报 2022 年 12 月第 30 卷第 8 期 Acta Lab Anim Sci Sin,December 2022,Vol.30,No.8drug screening and treatment.ConclusionsIn this study,we established national infrastructure for an animal model resource platform to provide one-stop services such as enquiries for laboratory animals and relevant resource information,release of information on supply and demand units,and display of detailed information to provide high-quality scientific and technological laboratory animal and animal model resource sharing services for scientific and technological innovation and social development.【Keywords】animal model;laboratory animal;resource sharing;information platform;databaseConflicts of Interest:The authors declare no conflict of interest.动物模型(animal model)是基于实验动物建立的模拟人类疾病或满足研究的动物,是人类疾病研究的“技术瓶颈”,也是疫苗、药物从实验室走向临床应用的“试金石”。动物模型是我国科学研究、生物医药和健康产品研发中不可缺少的科技资源,在提高我国自主创新能力、发展医药卫生、健康产业等方面具有重要价值和市场前景1-3。我国实验动物产业处于蓬勃发展阶段,产生了数千种实验动物和动物模型资源。国际上实验动物、动物模型资源更是在数万种以上。动物模型资源的选择和共享一直是实验动物行业亟待解决的问题。动物模型资源的多样化和标准化,既是国家战略资源,也是生物制品、药物研发的支撑性资源,更是生物医药产业又好又快发展的有力保障4-6。为落实创新性国家战略,提高我国科学研究能力,为我国医药卫生健康产业发展和应对新发突发重大传染性疾病提供源自实验动物行业的强大科技支撑,根据科技部工作部署,我们建立了“国家动物模型资源共享信息平台”(本文简称信息平台),助力新冠肺炎疫情攻关,提供数据支持,解决供需双方对动物模型资源的需求。我们建立的国家动物模型资源共享信息平台,可推动我国动物模型相关资源共享,满足不同层次、不同研究目的的需求。1 方法1.1 数据来源本平台的资源数据主要来源于 5 个部分:(1)本单位自有动物模型相关资源;(2)实验动物资源单位汇交的动物模型相关资源;(3)文献采集的动物模型相关资源;(4)国际公共实验动物资源库汇集的 动 物 模 型 相 关 资 源,例 如 Mouse Genome Informatics(MGI)、Rat Genome Database(RGD)等;(5)研究人员个人提交的动物模型相关资源等。1.2 数据采集1.2.1 文献采集采用爬虫的方法对公共数据库及文献中的资源数据进行采集。根据每个资源 URL 中含有的 ID号,使用 read_html 命令读取对应网页,使用 css 选择器提取每个页面中共有字段,例如 Strain Name、Attributes、Symbol、Type、Source、Origin、Research Usage、MGI ID、RGD ID 等,使用 frame 函数创建数据列表,使用 for 语句循环采集 MGI 与 RGD 数据库资源页面数据字段信息,使用 writexl 函数输出为Excel 格式。1.2.2 资源鉴定通过中国实验动物学会发布“国家动物模型资源共享信息平台实验动物资源/动物模型征集函”在全国范围内征集数据,重点与新冠动物模型研发单位进行联络,全面系统收集了新冠动物模型资源作为平台的特色。联合中国实验动物学会动物模型鉴定与评价工作委员会、中国实验动物学会实验动物资源鉴定与评价工作委员会(简称鉴定委员会)开展动物模型和实验动物资源鉴定工作,并发布经过鉴定或采集的资源信息。1.3 数据审核及入库根据中国实验动物学会实验动物模型鉴定与评价管理办法(试行),由实验动物领域权威专家对申请人(单位)提交的材料进行鉴定评价,依据实验动物模型构建的信度和效度(表观效度、预测效度以及结构效度),基于模型制作原理和方法,并结合不同品系动物的特点,对拟开展鉴定和评价的实验动物模型从整体、组织、细胞和分子水平进行鉴定和评价。在前期