基金项目：本研究由广西科技师范学院高层次人才启动经费(GXKS2020GKY009)、广西高校中青年教师科研基础能力提升项目(2021KY0862)和广西科技师范学院特色瑶药资源研究与开发校级重点实验室经费(KJ5CSH000005)共同资助引用格式：LiangX.L.,QinY.M.,SunX.B.,andGuoS.,2023,AnalysisofcodonusagebiasinthechloroplastgenomeofAgastacherugosa,FenziZhiwuYuzhong(MolecularPlantBreeding),21(3):809-818.(梁湘兰,覃逸明,孙晓波,郭松,2023,藿香叶绿体基因组密码子偏好性分析,分子植物育种,21(3):809-818.)研究报告ResearchReport藿香叶绿体基因组密码子偏好性分析梁湘兰覃逸明孙晓波*郭松*广西科技师范学院食品与生化工程学院,来宾,546199*共同通信作者,563537879@qq.com;guosong0804@163.com摘要为确定中药藿香叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因，本研究利用CodonW1.4.2和在线软件CUSP对藿香叶绿体基因组中的53条基因编码序列密码进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明：RSCU>1的密码子有29个，其中有28个以A/U结尾，说明叶绿体基因组的同义密码子中偏好以A/U结尾。藿香叶绿体基因组密码子的GC含量GC1(46.95%)>GC2(39.39%)>GC3(28.98%)，ENC值平均值大于45，其中大于45的有40个，说明藿香叶绿体基因组存在较弱的偏性。通过中性绘图分析、ENC-plot分析以及PR2-plot分析发现，藿香叶绿体基因组密码子的偏好性受到选择作用的影响为主要因素。通过构建目标基因的高低基因表达库，最终确定19个最优密码子：UUU、UUA、UUG、AUU、GUA、UCU、AGU、CCU、ACU、GCU、UAU、CAU、AAU、AAA、GAU、GAA、UGU、CGA、GGU。本研究为通过外源基因密码子改造后以藿香叶绿体为载体进行异源表达及种源鉴定提供了科学根据。关键词藿香;叶绿体基因组;最优密码子;密码子偏好性AnalysisofCodonUsageBiasintheChloroplastGenomeofAgastacherugosaLiangXianglanQinYimingSunXiaobo*GuoSong*CollegeofFoodandBiochemicalEngineering,GuangxiScience&TechnologyNormalUniversity,Laibin,546199*Co-correspondingauthors,563537879@qq.com;guosong0804@163.comDOI:10.13271/j.mpb.021.000809AbstractTodeterminethecodonusagepatternofchloroplastgenomeofAgastacherugosa,atotalof53selectedprotein-codingsequenceswereanalyzedusingCodonW1.4.2andCUSPsoftware,andthecodonswereanalyzedbyneutralplotting,ENC-plotandPR2-plot.Theresultsshowedthattherewere29codonswi...
