10355905生物信息学基因和蛋白质分析的实用指南(1).pdf

3分以上SC实验设计仅需1.5万起生物信息学基因和蛋白质分析的实用指南Andreas D.BaxevanisB.F.Francis Ouellette著李衍达孙之荣等译清华大学出版社http:/3分以上SC实验设计仅需1.5万起生物信息学基因和蛋白质分析的实用指南Andreas D.BaxevanisB.F.Francis Ouellette李衍达孙之荣等译清华大学出版社3分以上SC实验设计仅需1.5万起中(京)新登字158号内容简介人类基因组计划即将完成，这对人类了解生命和人类自身具有非常重要的意义。基因组研究的热点逐渐从基因组测序转向对基因组表达的分析和对蛋白质结构与功能的预测。大量生物分子的数据需要综合运用数学、物理、计算科学和信息科学等进行处理和分析，从而产生了生物信息学这门崭新的交叉学科。生物信息学集成了分子生物学和计算方法，彻底变革了基因探索及相关的研究，为科学家提供了崭新的工具，可以用来处理由人类基因组计划产生的海量生物数据、原始DNA和蛋白质序列信息。关于生物信息学的研究正深人开展，但是目前国内尚未见到有关生物信息学的图书。1998年美国国家人类基因组研究所和国家生物技术信息中心的两位教授Andreas D.Baxevanis和B.F.Francis Ouel-lette出版了一本生物信息学专著(Bioinfommatics一A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins)。本书是其中译本，是由清华大学生物信息研究所李衍达院士和孙之荣教授组织翻译的。由前卫计算生物学家撰写的这本书，贯穿了已有的工具和数据库，包括应用软件、因特网资源、向数据库提交DNA序列以及进行序列分析和利用核酸序列与蛋白质序列进行预测的方法，使读者从中体验到生物信息学这一崭新的、有待开发的学科的魅力。读者对象：高等院校的师生和从事生物工程研究的科技工作者。Bioinformatics:a practical guide to the analysis of genes and proteinsAndreas D.Baxevanis,B.F.Francis OuelletteCopyright C 1998 by John Wiley Sons,Inc.All rights reserved.No part of this publication may be reproduced,stored in a retrieval system or transmitted in any form or by anymeans,electronic,mechanical,photocopying,recording,scanning or otherwise,except as permitted under Sections107 or 108 of the 1976 United States Copyright Act,without either meor wntten permussion of the Publisher,orauthorization through payment of the appropriate per-copy fee to the Copynghearance Center,222 Rosewood Drive.Danvers.MA 01923,(978)750-8400,fax(978)750-4744.Requests toPublisher for permission should beaddressed to the Permissions Department,John Wley Sops,Inc.,605 Third Avenue,New York,NY 10158-0012,(212)850-6011,farx(212)850-6008,率-Ml:PERMREQWTEY.C0M.北京市版权局著作权合同登记号：01-99-2518书名：生物信息学基因和蛋白质分析的实用指南作者：李衍达孙之荣等译出版者：清华大学出版社（北京清华大学学研大厦，邮编100084）http:/印刷者：北京市清华园胶印厂发行者：新华书店总店北京发行所开本：78710921/16印张：21.75彩插：2页字数：500千字版次：2000年8月第1版2000年8月第1次印刷书号：ISBN7-302-03997-6/Q10印数：0001-5000定价：39.00元3分以上SC实验设计仅需1.5万起译者序随着人类基因组计划的实施，通过基因组测序、蛋白质序列测定和结构解析等实验，分子生物学家提供了大量的有关生物分子的原始数据，需要利用现代计算技术对这些原始数据进行收集、整理、管理以便于检索使用，因而出现了生物信息学。为了解释和理解这些数据，还需要对数据进行比对、分析，建立计算模型，进行仿真、预测与验证等，这些也促进了生物信息学的发展。生物信息学是分子生物学和信息科学与技术、物理、数学等学科交叉、结合的产物，它的出现极大地推动了分子生物学的发展。现在人类基因组计划接近完成，人们的注意力已从基因组测序转向对基因组表达的分析，对蛋白质组结构与功能的预测。这也是生物信息学面临的主要课题。人们注意到，无论是基因的表达，还是蛋白质的功能，在很多情况下，都是多个基因、多种蛋白质相互作用的结果，要对它进行分析与预测，必然涉及数学、物理、计算科学、系统科学、控制科学、信息科学与生物学的综合应用，因而生物信息学是一门多学科交叉的学科，它需要多个领域的专家通力合作。不仅如此，由于它涉及面是如此广泛，而难度又是如此之大，它更需要全国、全世界的科学家的通力合作。近年来，由于国际互联网的迅速发展，为这种世界性的合作提供了网络基础，从而大大地促进了世界上生物信息学家之间的交流，他们共享已有的数据、资源，相互交流各自提出的分析方法。相互交流、共同协作，形成了生物信息学界的一股新风气。人们已经意识到，生物信息学的发展将对我们了解生命，了解人类自身；对于医药、保健、农业等都将起极大的作用，因而生物信息学已引起世界各国的高度重视，纷纷加大投人，发展十分迅速。同样地，生物信息学在我国也正在兴起。生物信息学是一门崭新的学科，目前国内已有大学招收生物信息学的本科生，硕土研究生和博士研究生的培养也在日益加强。但国内尚无一本完好的生物信息学的读本，1998年美国国家人类基因组研究所和国家生物技术信息中心的两位教授出版的这本生物信息学专著，是一本难得的讲述生物信息学的图书，我们将其介绍给中国读者。我们期望通过本书的翻译出版，对我国生物信息学的发展有所裨益。本书的翻译工作由几位译者共同完成，具体分工如下：第1,2章卢欣；第3章蔡军；第4章闻芳：第5章胡驰峰；第6章李萍；第7,8,9章季星来；序言，第10,11章过涛：第12章廖心清：第13章罗霄；第14章李泽。李衍达和孙之荣负责组织和审校工作。李衍达孙之荣1999年11月3分以上SCI实验设计仅需1.5万起序言过去10年中，全世界的分子生物学家们所收集的原始信息不断激增。在不太久之前，这些信息的分析整理工作只有研究生去做，因为他们对摆弄试管比敲击键盘更有兴趣，而现在有很多人已全身心地投人这个领域。生物信息学正处于萌芽中，它可以不严格地定义为分子生物学和计算生物学的交叉。这个领域中已有了大量重要的发现，并有希望揭示更多大自然的奥秘。对大多数人而言，生物信息学的吸引力在于它是生物学中崭新和有待开垦的领域：而对其他人，其吸引力蕴藏在还原论者对化学层次上的细节的热爱和系统遗传学家对了解各物种体系之间内在关系的兴趣之中。生物信息学的好处早已作为谈论的话题得以广泛宣扬，它被宣称是能解决一切痼疾的仙丹，或是分解序列数据的强大工具，或简称之为研究科学的一条迷人途径。而实际上，生物信息学是艰难而有意义的工作中的一种新的方法。这一领域中，研究方法大多在不断变化并有待发展和完善，与当年生物化学的黄金年代并无不同，那时人们选择各种能溶解和分析目标分子的手段，而如今生化实验室中所用技术要成熟和精巧得多。然而，在生物信息学被推向前进的竞赛中，一些人曾企图将其从科学分支降级为购买了合适工具包就完成的功能。而维护了生物信息学在科学领域中地位的正是生物信息学研究工作者群体本身，无论他们是在私立大学里还是在政府赞助的研究中心里。生物信息学已取得的卓越进展就蕴含在从收集、整理原始数据，到开发更新、更强的数据处理方法的工作之中，而且一切均处于信息和技术自由共享的环境里。生物信息学群体的独特之处在于，超越商业范畴，其“团体精神”比生物学中许多竞争性领域要开放得多。由此想法，本书试图能让那些想了解更多序列分析方法的科学家跳进书中，来体验令人着迷的科学旅途。通过这本书，我们希望读者能认识到这些方法的严格性，并且明白，与实验并无不同，控制器的运转和弄清哪种方法能解决或不能解决何种问题，是至关重要的。总之，我们鼓励读者不妨一试。这里，我们要感谢许多同仁，若非他们的帮助本书就难以完成。首先要感谢的是分别完成此书各章节的诸位作者。他们专业的见解与专家的观点，以及他们在十分繁忙中仍友善地配合，使我们感到与这些女士和先生们合作十分愉快。本书中极大部分内容均得益于在NH的国家生物技术信息中心(NCBI)所开发的工具和数据库，我们要感谢NCBI的全体成员，感谢他们辛勤的工作，感谢他们耐心负责地维护着这些公共数据库，特别是他们使这些数据库具有最高的质量和便于科学工作者们访问。那些从事计算生物学的科学家们一贯对他们的成果十分慷慨，制作了自由访问的工具和专门数据库，否则，连最基本的序列分析研究也是无法做到的。我们要感谢参与这些项目的所有成员，包括这里未曾特别提及的，因为是他们造就了这个以序列为基础的新生物学时代的许多辉煌成就。我们还要感谢本书编辑Ann Boyle的耐心帮助、鼓励和支持。这本书也包含了我们的很多第一次，因而在学习出书的里里外外过程中，我们与她建立起了深厚的友谊。我们期