DNA和蛋白质序列数据分析工具（第2版）.pdf

生物信息学数据分析丛书Tools for Analysis of DNA and Protein Sequence Data(Second Edition)DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)薛庆中等编著斜学虫版社北京内容简介在众多生物基因组测序项目完成之际，我们面临的最大挑战是如何对DNA和蛋白质数据进行科学的分析和注释。本书分三个层次解读基因数据库和网络工具：基因组学层面重点介绍序列比对工具BLAST和ClustalX的使用、真核生物基因结构的预测、电子克隆及分子进化遗传分析工具(MEGA4)的使用：蛋白质组学层面介绍了蛋白质结构与功能预测、序列模体的识别和解析、蛋白质谱数据分析、基因芯片数据处理和分析，以及应用GO注释基因功能和通过KEGG分析代谢途径：系统生物学层面从网络结构分析阐述了蛋白质与蛋白质的相互作用：此外，还增添了使用Bioperl模块进行数据分析和Windows操作系统下Bioperl程序包的安装等内容。书中提及的各种方法均有充实的例证并附上相关数据和图表，供读者理解和参考：书后还附有中英文的专业术语和词汇。本书可作为对生物信息学专业感兴趣的本科生、研究生和研究人员学习、研究的重要工具手册。图书在版编目(CP)数据DNA和蛋白质序列数据分析工具/薛庆中等编著.一2版.一北京：科学出版社，2010(生物信息学数据分析从书)ISBN978-7-03-027052-8I.DNAI.薛IIL.脱氧核糖核酸-数据-分析蛋白质-数据-分析V.Q523Q51中困版本图书馆CIP数据核字(2010)第047908号责任编辑：李悦刘晶/责任校对：桂伟利责任印制：钱玉芬/封面设计：耕者设计工作室精学出版社出版北京东黄城根北街16号邮政编码：100717http:/藏主印制了印刷科学出版补发行各地新华书店经销2009年1月第一版开本：B5(7201000)2010年4月第二版印张：1814插页：42010年4月第一次印刷字数：347000印数：1一3500定价：48.00元(如有印装质量问题，我社负责调换)编委会名单(按姓氏汉语拼音排序)陈辰陈晓龙程尹丁文超冯晔韩序华大颂黄鹏宇蒋琰骆迎峰莫凡阮陟王珺王庭璋薛庆中叶琳张维一第二版前言第一版DNA和蛋白质序列数据分析工具一书发行后三个月，出版社就来信告诉我“该书销售实在是太火爆了，现在库房就剩24本，准备重印”。与此同时，参加我们的“基因组科学研习班”的人员也在激增。这在一定程度上反映了国内读者对这一科学“盲点”开始重视并产生了强烈兴趣，对我们这些作者来说，这无疑是莫大的鼓励和鞭策。随着新一代测序仪的问世，生物数据库中的DNA和蛋白质序列数据量直线飙升，计算机专家们开发的新工具不断涌现，更新速度之快令人瞩目，我们很快就发现完成不久的工具书已有落伍的迹象。为此，我们打算借重印的机会，对其中部分内容加以修改，并将其中一章的修改稿送交出版社审阅。责任编辑阅后，建议补充些内容重新出版一本新书，作为该书的再版。于是我们就开始着手组织人员写作新书。第二版中我们坚持“兼顾学术思想的前沿性和写作的通俗性”的原则，主要面向初学的读者群，尽量使用Windows操作系统下的在线工具，配以详细的图文注释，同时对英文的专业术语和词汇进行了翻译，便于读者自学和操作。即使是缺乏基因组知识的读者，通过参加“基因组科学研习班”学习也能较快入门。第二版中我们对书稿进行了较大修整，不仅丰富了新书的科学内容，同时加深了对数据的诠释，并适当增加了相关生物学背景知识的介绍。与第一版相比，我们主要做了以下几个方面的修改和补充。其一，软件普遍升级，网页版面全面更新。例如，用GPM Tornago XE(X!系列图形界面)替代了原来的X!Tandem软件后，使文件输入、参数设置、结果输出等信息都实现了可视化。在系统进化树构建时，使用MEGA升级版后就可以免除对多序列比对结果文件格式转换的过程，应用更为便捷。原来介绍使用的ClustalX1.83也已升级为ClustalX2。其二，补充介绍了新内容。例如，在基因芯片数据处理和分析时，增加了MeV的聚类、差异表达基因筛选内容；在KEGG数据库中添加软件KegArray实现了KEGG数据库和基因芯片数据整合分析。系统生物学网络结构分析中，增补了应用插件Cytoprophet预测潜在蛋白质和结构域的相互作用。其三，对原有内容重新进行梳理。例如，在蛋白质结构与功能预测中，以ExPASy数据库提供的蛋白质分析系列工具为引线，整合了InterPro各相关数据库介绍。其四，增加了三章内容，分别是：序列模体的识别和解析（第6章）、使用Bioperl模块作数据分析（第I1章）、Windows操作系统下Bioperl程序包的安