中草药2023年3月第54卷第5期ChineseTraditionalandHerbalDrugs2023MarchVol.54No.5·1551·当归MADS-box生物信息学及SOC1克隆与表达分析2崔秀文1，刘迪1，黄天苗1，李美玲1，栗孟飞1*，魏建和2*1.甘肃农业大学生命科学技术学院干旱生境作物学国家重点实验室，甘肃兰州7300702.中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所，北京100193摘要：目的对当归AngelicasinensisMADS-box基因家族进行筛选与生物信息学分析，并对SOC1-4基因进行克隆与表达验证。方法基于当归全长转录组筛选MADS-box基因家族，利用在线工具进行生物信息学分析，并利用qRT-PCR检测SOC1-4基因在不同材料中的表达水平。结果当归全长转录组中含有29个MADS-box基因家族成员，可分为10个亚家族，共含有6个保守基序，蛋白质序列长度为49～422aa，相对分子质量为5697.56～49624.90，等电点为5.06～11.00，亚细胞结果显示当归MADS-box基因家族成员分别定位于叶绿体、细胞核、细胞质和线粒体，二级结构预测及3D建模显示同一亚家族结构相似；SOC1-4基因克隆片段与全长转录组测序结果一致；SOC1-4基因随种苗春化作用和植株发育时期延长呈现高表达，在抽薹植株、茎和叶中高表达，而在冷冻规避春化作用种苗中呈现低表达。结论当归含有29个MADS-box成员，各成员理化性质和结构存在一定的差异，SOC1-4基因表达水平与当归抽薹开花生理调控一致，为当归MADS-box基因家族调控抽薹开花相关研究提供借鉴。关键词：当归；MADS-box；生物信息学；SOC1-4；基因克隆；抽薹开花中图分类号：R286.12文献标志码：A文章编号：0253-2670(2023)05-1551-10DOI:10.7501/j.issn.0253-2670.2023.05.022AnalysisonMADS-boxbioinformatics,SOC1cloneandexpressionpatterninAngelicasinensisCUIXiu-wen1,LIUDi1,HUANGTian-miao1,LIMei-ling1,LIMeng-fei1,WEIJian-he21.StateKeyLaboratoryofAridlandCropScience,CollegeofLifeScienceandTechnology,GansuAgriculturalUniversity,Lanzhou730070,China2.InstituteofMedicinalPlantDevelopment,ChineseAcademyofMedicalSciences&PekingUnionMedicalCollege,Beijing100193,ChinaAbstract:ObjectiveToscreenandanalyzeMADS-boxgenefamilybioinformaticsofAngelicasinensis,clonetheSOC1-4geneandperformbioinformaticanalysis.MethodsTheMADS-boxgenefamilywasscreenedbasedonthefull-lengthtranscriptomesofA.sinensis,thebioinformaticswasanalyzedusingtheonlinetools,an...
