基因芯片(1).pdf

解螺旋 陪伴医生科研成长 http:/ 1 基因芯片基因芯片 1.1.实验原理实验原理 基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法。在一块基片表面固定了序列已知的八核苷酸的探针，当溶液中带有荧光标记的核酸序列，例如 TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时，通过确定荧光强度最强的探针位置，获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸的序列。图 1.1 基因芯片的测序原理图 2.2.实验目的实验目的 基因功能的研究。通过基因芯片可以大规模，高通量地对成千上万个基因进行同时研究。3.3.实验实验材料材料 3.1.3.1.主要试剂主要试剂 硅片或玻片，核酸探针，尼龙膜，硝酸纤维膜等。3.2.3.2.主要仪器主要仪器 PCR 仪等、激光共聚焦显微镜等。解螺旋 陪伴医生科研成长 http:/ 2 4.4.实验步骤实验步骤 4.1.4.1.样品的准备样品的准备 由于灵敏度所限，多数方法需要在标记和分析前对样品进行适当的扩增。4.2.4.2.杂交检测杂交检测 显色和分析测定方法主要为荧光法，其重复性较好，但灵敏度较低。目前正在发展的方法有质谱法、化学发光法、光导纤维法等。以荧光法为例，当前主要的检测手段是激光共聚焦显微扫描技术，以便于对高密度探针阵列每个位点的荧光强度进行定量分析。4.3.4.3.结果分析结果分析 (1)差异表达基因分析和聚类分析 基因芯片数据标准化、上调基因/下调基因、t-检验（P 值）、方差分析（F-检验）、基因聚类（Cluster）、热图（Heatmap）、多样本分子标志物聚类（如肿瘤分子标志物聚类分析）。可分析 mRNA 表达谱、miRNA 表达谱和甲基化基因芯片数据表达谱差异。解螺旋http:/ 分析内容：基因芯片数据质量控制和分析（结果形式：相关性分析结果表格）(3)GO 分析（Gene Ontology）意义：了解差异基因所调控的生物学功能中哪些是最重要的,哪些生物学过程需要深入研究，哪些酶的活性需要重点关注等。分析内容：包含基因芯片内所有差异表达基因的 GO 功能注释（结果形式：注释表格）和 GO 功能富集分析图）。(4)Pathway 分析及其富集分析 意义：了解差异基因影响的主要信号通路调控机制和重点调控的蛋白。分析内容：最重要的几个差异基因相关的 KEGG 代谢通路图、表示通路被调控程度的热图，（结果形式：pathway表格)、Pathway富集分析图（结果形式：热图Heatmap/聚类Cluster，富 集 参 数 表 格/KEGG代 谢 通 路 图，含 研 究 基 因 的 颜 色 标 记）解 螺 旋http:/ 陪伴医生科研成长 http:/ 3 5.5.典型文献典型文献1,21,2 1.Suber TL,Nikolli I,OBrien ME,et al.FBXO17 promotes cell proliferation through activation of Akt in lung adenocarcinoma cells.Respir Res 2018;1919(1):206.2.Liu P,Cai J,Dong D,et al.Effects of SOX2 on Proliferation,Migration and Adhesion of Human Dental Pulp Stem Cells.PLoS One 2015;1010(10):e0141346.