∗doi:10.3969/j.issn.2095-1736.2023.04.037基于RNA条形码技术对新型冠状病毒的鉴定蒋帅1,游昌乔1,2,张红明1,2,秦红2,郭新红1(1.湖南大学生物学院,长沙410082;2.南华生物医药股份有限公司,长沙410006)摘要旨在设计一种通过RNA条形码片段对SARS-CoV-2进行更快、更准确鉴定的技术。该技术基于NCBI数据库对所有Beta-CoV属以及7种HCoVs的序列进行筛选并构建序列库。通过生物信息学方法对序列库进行遗传多样性分析、遗传距离分析以及系统发育树的构建,从而测试条形码片段在不同情况下对鉴定SARS-CoV-2的准确性与稳定性。基于SNP位点对序列进行剪裁并利用NCBI的Blast功能将剪裁的片段进行打分,得到鉴别效果最优的条形码片段并可视化。结果表明,RNA条形码片段可以准确地将SARS-CoV-2从序列库内包含的所有毒株中鉴定出来,而通过Blast打分以及P值检验最终得到的2条条形码片段(分别位于ORF1ab和S基因编码区)对鉴定SARS-CoV-2具有很好的稳定性。RNA条形码技术不仅有利于探索SARS-CoV-2全基因组序列多态性与物种特异性遗传标记的关系,还有利于为SARS-CoV-2的鉴定技术提供新思路。关键词新型冠状病毒;条形码技术;物种鉴定;RNA片段中图分类号R373;R563.1文献标识码A文章编号2095-1736(2023)04-0037-05IdentificationofSARS-CoV-2basedonRNAbarcodingJIANGShuai1,YOUChangqiao1,2,ZHANGHongming1,2,QINHong2,GUOXinhong11.SchoolofBiologyHunanUniversityChangsha410082China2.NanHuaBio-medicineCo.Ltd.Changsha410006ChinaAbstractItaimedtodesignatechnologyforthefasterandmoreaccurateidentificationofSARS-CoV-2throughRNAbarcodeseg-ments.SequencesofBeta-CoVgeneraand7HCoVswerescreenedtoconstructthesequencesdatabasebasedontheNCBIonlinedata-base.Thegeneticdiversityanalysisgeneticdistanceanalysisandphylogenetictreeconstructionofthesequencesdatabasewereper-formedonbioinformaticsmethodssoastoexaminetheaccuracyandstabilityofbarcodesegmentsinidentifyingSARS-CoV-2indiffer-entcases.FinallythefragmentsclippedfromtheSNPsitesonsequenceswerescoredbyusingtheBlastonNCBItoobtainthebar-codesegmentsandvisualbarcodeswiththeoptimalidentificationeffect.AboveresultsshowedthattheRNAbarcodesegmentscouldpreciselyidentifySARS-CoV-2fromallstrainswithinthesequencesdatabaseandthetwobarcodesegmentslocatedinthecodingre-gio...
