464例广西人群miR⁃365基因rs30230C_T遗传多态性研究.pdf

分子诊断与治疗杂志2023年7月第15卷第7期J Mol Diagn Ther,July 2023,Vol.15No.7论著基金项目：国家自然科学基金项目（82060617）；国家自然科学基金项目（82060570）；广西自然科学基金项目（2020GXNSFAA297147）；桂林医学院硕士研究生科研项目（GYYK2022019）作者单位：1.桂林医学院附属医院检验科，广西，桂林 5410012.右江民族医学院附属医院皮肤科，广西，百色 533000通信作者：韦叶生，Email：464例广西人群miR365基因 rs30230C/T遗传多态性研究翁银花1陈杰1谷嬉嬉1罗艳萍1刘潮1蓝艳2韦叶生1摘要 目的研究 miR365 基因 rs30230C/T 位点多态性在广西人群的分布特征，并在不同种族人群比较其位点基因型和基因频率的分布差异。方法选用 SNPscan 分型技术，对 464 名广西健康体检者 miR365 基因 rs30230C/T 位点的基因型进行检测，并与千人基因组计划（Hapmap）公布的北京汉族人群（CHB）、欧洲人群（CEU）、日本人群（JPT）和非洲尼日利亚人群（YRI）miR365 基因多态性数据进行比较。结果rs30230C/T 位点的基因型遵循 HardyWeinberg 遗传平衡定律，样本人群具有代表性意义。rs30230C/T 位点存在 CC、TC、TT 3 种基因型。在广西人群中，miR365 基因 rs30230C/T 位点存在 CC（63.1%）、TC（32.3%）、TT（4.5%）3 种基因型；C、T 的等位基因频率分别为 79.3%、20.7%。该位点的各基因型及等位基因频率分别在男女组间差异无统计学意义（c2=1.423、1.385，P0.05）。广西人群中的rs30230C/T 位点基因型与 NCBI（https：/www.ncbi.nlm.nih.gov/）公布的人类千人基因组计划的欧洲人群、非洲尼日利亚人群分型数据之间的比较，差异有统计学意义（c2=32.871、87.572，P0.05）；其等位基因频率与欧洲人群、非洲尼日利亚人群比较，差异有统计学意义（c2=30.589、59.423，P0.05）。结论广西人群 miR365基因 rs30230C/T 基因位点多态性在不同种族人群和地区间存在不同程度的差异，这些差异对疾病的预防和控制研究有一定的借鉴意义。关键词 miR365 基因；基因多态性；种族Genetic polymorphisms of rs30230C/T loci of miR365 gene in 464 cases from GuangxipopulationWENG Yinhua1，CHEN Jie1，GU Xixi1，LUO Yanping1，LIU Chao1，LAN Yan2，WEI Yesheng1（1.Department of Clinical Laboratory，the Affiliated Hospital of Guilin Medical University，Guilin，Guangxi，China，541001；2.Department of Dermatology，the Affiliated Hospital of Youjiang Medical University forNationalities，Baise，Guangxi，China，533000）ABSTRACT ObjectiveTo investigate the distribution characteristics of miR365 gene rs30230C/Tpolymorphisms in Guangxi population and compare the differences of locus genotype and gene frequency in different ethnic groups.MethodsSNPscan technique was used to detect genotypes of rs30230C/T in 464Guangxi population and compared with the miR365 gene polymorphism data which were published by 1 000Genome Project，including CHB，CEU，JPT，and YRI.ResultsThe genotype of the rs30230C/T locus followed the HardyWeinberg law of genetic equilibrium，and the sample population was representative.Thereare three genotypes of CC，TC and TT at the rs30230C/T locus.In Guangxi population，there were CC（63.1%），TC（32.3%），and TT（4.5%）genotypes at the rs30230C/T locus of miR365 gene；the allele fre 1247分子诊断与治疗杂志2023年7月第15卷第7期J Mol Diagn Ther,July 2023,Vol.15No.7miR365 基因作为 miRNA 里的关键成员之一，在生物体内普遍存在，其结构和功能机理与其他 miRNA 家族相似，主要通过与靶基因 mRNA 的3端非编码区结合，抑制靶蛋白的翻译或引导mRNA 降解，在转录层次上调控基因的表达12。有研究人员报道，miR365 基因在口腔鳞状细胞癌3、卵巢癌4、非小细胞肺癌4、乳腺癌5和肝癌6等疾病中都具有不同表现，这种差异性的表达与疾病的发生发展以及相关的预后密不可分，这也将预示着 miR365 基因将有望成为某些疾病早期诊断与治疗的潜在靶标7。近年来，有研究显示基因多态性与种族背景、地理位置以及气候等因素相关8，因此探究基因多态性在健康人群中的分布特点是研究复杂疾病易感性的重要前提9。至今，尚有文献报道 miR365 基因 rs30230C/T 位点在健康人群中的分布。因此本研究筛选出次等位基因频率大于 5%的 miR365 基因位点 rs30230C/T，采 用 SNPscan 分 型 技 术 对 464 例 广 西 人 群rs30230C/T 位点进行基因分型，并比较其多态性在不同人群中的分布情况，将为今后研究miR365基因多态性与相关复杂性疾病的关系以及遗传学等方面提供一些实验依据。1对象与方法1.1 研究对象随机纳入 2021 年 1 月至 2021 年 12 月期间在桂林医学院附属医院东城健康体检中心体检的464 名健康者的血液样本，其中男性样本 285 名，女性样本 179 名，且年龄分布在 1880 岁。纳入的研究对象祖辈三代均定居于广西，且之间无任何血统或亲属关系，其他的临床实验室指标都在正常范畴之内，并排除自身免疫、遗传、过敏性和器质性疾病等。研究对象均知情且已签署同意书，研究经院伦理委员会审批后实施。1.2方法1.2.1基因组 DNA 制备用 EDTAK2 抗凝管采集 2 mL 研究对象的静脉血，并严格按照天根基因组 DNA 提取试剂盒说明书取 200 L 血液样本提取基因组 DNA，后将获得的基因组 DNA 保存在-20冰箱中保存备用。对提取的 DNA 样本进行纯度分析，筛选 OD（260/280）值为 1.72.0、浓度为 2050 ng/L 的 DNA 样本用于后续基因分型。1.2.2引物的设计与合成在美国国家生物技术信息中心（NCBI.https：/www.ncbi.nlm.nih.gov/）检 索 miR 365 基 因rs30230C/T序列，选取适宜长度的DNA序列，输入软件Premier 3.0进行引物设计，上述引物委托上海天昊公司进行合成。rs30230C/T 上游引物为 5GTAGTA AGC TCC TCC TCT GGT GTC A3，下游引物为5GCT GAG TGG TTA TCG CTG GTG3。1.2.3PCR 扩增及测序PCR 扩增体系总体积共 20.0 L，包括 1.0 L样本 DNA，2.0 L 1GC 缓冲液，2.0 L 2 mMdNTP，1U 耐热 DNA 聚合酶和 0.2 上下游引物各 1.0 L，不足体积用灭菌双蒸馏水补足。PCR反应参数设定：95 2 min，94 20 s，62 40 s（每个循环降低 0.5），72 1.5 min，循环 11 次，9420 s，58 30 s，72 1.5 min，循 环 24 次；722 min；4 保持。PCR 产物经虾碱酶（SAP）（fromPromega）和外切酶 I（EXO I）（from Epicentre）进行纯化后用 ABI 公司的 BigDye3.1 试剂盒测序，测序反应经酒精纯化后在 ABI3730 上样，原始数据用GeneMapper4.1 软件进行解析。quencies of C and T were 79.3%and 20.7%，respectively.The frequencies of genotype and allele distributionof rs30230C/T were not significantly different between genders（c2=1.423，1.385，P0.05）.Comparison between rs30230C/T locus genotypes in Guangxi population and genotyping data of European and African Nigerian populations published by NCBI（https：/www.ncbi.nlm.nih.gov/）from the Human 1000 Genomes Project，the difference was statistically significant（c2=32.871，87.572，P0.05）；its allele frequency was significantlydifferent from that of European population and African Nigerian population（c2=30.589，59.423，P0.05）.ConclusionThe rs30230C/T polymorphism of the miR365 gene in Guangxi population varies to varying degrees among different ethnic groups and regions，which has certain reference significance for disease prevention and control research.KEY WORDS MiR365 gene；Polymorphisms；Race 1248分子诊断与治疗杂志2023年7月第15卷第7期J Mol Diagn Ther,July 2023,Vol.15No.7A AB BC C注：A 为 CC 基因型；B 为 CT 基因型；C 为 TT 基因型。图 1rs30230C/T 位点基因序列图Figure 1Gene sequence of rs30230C/T1.3统计学处理应用 SPSS 25.0 统计软件进行数据分析；计数资料以 n（%）表示，采用c2检验；样本人群是否有代表性运用哈迪温伯格（HardyWeinberg）遗传平衡法加以检验；P0.05）。见表 1。2.3广西人群中 mi