DB6528T 189-2023加工辣椒品种InDel指纹数据库构建规范.pdf

DB6528/T1892023目次前言。，。，。，。.II1范围12规范性引用文件3术语和定义。4 InDel标记鉴定程序.25标记类型及标记来源.26检测方法7质量保证27.1DNA质量.27.2引物序列.27.3酶及PCR反应相关试剂.37.4PCR扩增反应.38样品的来源及性质38.1品种来源.38.2样品类型38.3样品分析数量.39引物及流程的评估.39.1评估用的品种数量及名单的确定.39.2引物评估的取金.410不同来源数据的有效整合。410.1固定一套核心引物.410.2提供标准品的要求.10.3提供标准DNA的要求.410.4确定引物等位基因BN的要求.410.5异常带型的数据处理方式.10.6数据的编码方式411构建品种DNA指纹模式库.12构建品种DNA指纹扩展库.513数据库数据的随机盲测.DB6528/T189-2023加工辣椒品种InDel指纹数据库构建规范1范围本文件规定了加工辣椒品种IDel标记方法及标记来源、检测方法、质量保证、样品的来源及性质、引物及流程的评估、不同来源数据的有效整合、构建品种DNA指纹模式库、构建品种DNA指纹扩展库、数据库数据的随机盲测的要求。本文件适用于加工辣椒品种鉴定及DNA指纹库的建立。2规范性引用文件本文件没有规范性引用文件。3术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1InDel标记Insertion-deletion根据基因组中插入缺失位点，设计一些扩增这些插入缺失位点的PC引物，这就InDel标记。3.2DNA指纹DNA fingerprint具有完全个体特异的DNA多态性，同个体核DNA的酶切片段杂交，获得了由多个位点上的等位基因组成的长度不等的杂交带图纹。3.3变性聚丙烯酰胺凝胶电泳PAGE Polyacrylamide gel electrophoresis是以聚丙烯酰胺凝胶作为支持介质的一种常用电泳技术。注：根据寡核苷酸的大小来分离，因此可将全长产物与不完整的短分子分开，适合变性蛋白的处理。3.4引物primer是一小段单链DNA或RNA,作为DNA复制的起始点，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链，在引物的3O州上，核苷後以一酯链形式进行合成，因此引物的3-OH,必须是游离的。3.5核心引物core primers指多态性、稳定性、重复性等综合特性好、可作为DNA指纹鉴定优先选用的一套引物。注：包括基本核心引物和扩展辅助核心引物。其中基本核心引物作为固定用于品种鉴定和建库的引物，保证不同实验室数据具有可比性并可进行数据整合。扩展辅助核心引物相对固定，并可根据引物的最新研究结果和特殊鉴定性状进行调整。3.6标准品种standard variety