铁代谢相关基因FLVCR1...与免疫细胞浸润的相关性研究_王星云.pdf

铁代谢相关基因 FLVC1 对肝细胞癌的预后影响及与免疫细胞浸润的相关性研究王星云1，宋哲瑶1，2，沈平1，王欢1，薛雨晴1，崔荣军1(1牡丹江医学院生物化学与分子生物学教研室;2牡丹江心血管病医院检验科，黑龙江牡丹江157011)摘要:目的基于多个数据库探索猫白血病病毒 C 亚群受体 1(feline leukemia virus subgroup C receptor 1，FLVC1)在肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma，HCC)中的表达、预后及与免疫细胞浸润的相关性。方法利用 UALCAN、GEPIA2、仙桃学术平台分析 FLVC1 在 HCC 患者中的表达情况;利用 GEPIA、GSCA 分析 FLVC1 与临床分期的关系;Linkedomics 寻找与FLVC1 相关的基因，进一步进行 GO、KEGG 富集分析;利用 TIME 数据库分析 FLVC1 与免疫细胞浸润的相关性;KaplanMeier plotter 探索免疫细胞浸润高低对预后的影响;在 GSCA 分析 FLVC1 与药物敏感性的相关性。结果FLVC1 在 HCC患者中高表达;FLVC1 表达与临床分期呈正相关;与 FLVC1 正相关的基因主要富集在有机酸分解代谢等过程，与 FLVC1负相关的基因主要富集在染色体分离等过程;FLVC1 表达水平与四种免疫细胞包括 CD4+记忆 T 细胞、CD8+T 细胞、髓源性抑制细胞(myeloidderived suppressor cells，MDSCs)、调节性 T 细胞(regulatory cells，Tregs)的浸润水平呈正相关且 P005;Kap-lan Meier plotter 数据库结果说明四种免疫细胞浸润与 HCC 患者不良预后相关;FLVC1 的表达与 Dasatinib 药物敏感性正相关，与 Navitoclax 负相关。结论FLVC1 对 HCC 患者的不良预后与免疫细胞浸润密切相关。关键词:肝细胞癌;FLVC1;免疫细胞浸润;预后中图分类号:7357文献标识码:A文章编号:10017550(2023)01002806基金项目:黑龙江省省属高等学校基本科研业务费科研项目(2019kyywfmy0001)作者简介:王星云(1997)，女，硕士研究生，研究方向:肿瘤生物信息学。通讯作者:崔荣军，副教授，研究方向:肿瘤生物信息学。Effect of iron metabolism related gene FLVC1 on prognosis of hepatocellular carcinoma and its correla-tion with immune cell infiltrationWANG Xingyun et al(Department of Biochemistry and Molecular Biology Mudanjiang Medical University，Mudanjiang 157011，China)Abstract:ObjectiveTo explore the expression and prognosis of FLVC1 in hepatocellular carcinoma(HCC)and its correla-tion with immune cell infiltration based on multiple databasesMethodsThe UALCAN，GEPIA2 and Xiantao academic platform wereused to analyze the expression of FLVC1 in HCCGEPIA and GSCA were used to analyze the relationship between FLVC1 and clini-cal stageThe genes related to FLVC1 were searched by Linkedomics，and GO and KEGG enrichment analysis were further conductedTIME database was used to analyze the correlation between FLVC1 and immune cell infiltrationKaplan Meier Plotter was used to ex-plore the effect of immune cell infiltration on prognosisThe correlation between FLVC1 and drug sensitivity was analyzed in GSCAesultsFLVC1 was highly expressed in HCC patientsThe FLVC1 expression was positively correlated with clinical stageGenespositively correlated with FLVC1 were mainly enriched in organic acid catabolism and other processesThe genes negatively correlatedwith FLVC1 were mainly enriched in the process of chromosome segregationThe expression level of FLVC1 was positively correlatedwith the infiltration levels of four immune cells，including CD4+memory T cells，CD8+T cells，MDSCs and Tregs(P0.05)KaplanMeier Plotter database results showed that high infiltration of four types of immune cells was associated with poor prognosis in patientswith HCCFLVC1 expression was positively correlated with Dasatinib drug sensitivity and negatively correlated with NavitoclaxCon-clusionThe poor prognosis of FLVC1 in patients with HCC is closely related to immune cell infiltrationKey words:hepatocellular carcinoma;FLVC1;immune cells infiltration;prognosis在 2020 年全球癌症报告中，肝癌在全球范围内的新发病例数和死亡病例数分别排名于第五位和第三位，而在我国的新发病例数和死亡病例数分别排名于第五位和第二位1。肝细胞癌(Hepatocellularcarcinoma，HCC)起源于肝细胞，约占原发性肝癌的90%，是世界范围内癌症相关死亡的第三大原因。822023 年 02 月牡丹江医学院学报Feb.2023第 44 卷第 1 期JournalofMuDanJiangMedicalUniversityVol.44No.12023DOI:10.13799/ki.mdjyxyxb.2023.01.014这主要因为 HCC 患者多处于晚期阶段，并且目前的治疗，包括传统的药物治疗以及新兴的免疫治疗存在一定的异质性。因此，寻找与 HCC 不良预后相关的生物标志物并探索其潜在的机制至关重要。猫白血病病毒 C 亚群受体 1(feline leukemia vi-rus subgroup C receptor 1，FLVC1)包含 12 个疏水跨膜结构域，是主要促进剂超家族成员之一2。Tang 等人发现铁代谢相关基因 FLVC1 是 HCC 关键的预后基因3。然而，FLVC1 对 HCC 患者预后的影响是否与免疫细胞浸润相关尚不清楚。本文旨在基于生物信息学数据库探索 FLVC1 在 HCC 中的表达、预后情况，进而分析 FLVC1 与免疫细胞浸润和药物敏感性的相关性。1资料与方法11基因表达分析为了分析正常组和 HCC 组FLVC1 的表达差异，在 UALCAN(http:/ualcanpathuabedu/indexhtml)输入基因名 FLVC1，依次选择 Liver hepatocellular carcinoma、Explore、Expres-sion。在 GEPIA2(http:/gepia2cancerpkucn/#a-nalysis)输入基因名 FLVC1，依次选择 Expression-DIY、Boxplot、LIHC、使用 log2(TPM+1)对数据标准、Match TCGA normal and GTEx data。通过仙桃学术(https:/wwwxiantaolove/products)在线平台用来分析 TCGA 中 HCC 配对样本 FLVC1 的表达情况，具体方法如下:采用(363 版本)进行统计分析与可视化，包 ggplot2(333 版本)用于可视化;数据来源于 TCGA(https:/portalgdccancergov/)LIHC(肝细胞肝癌)项目中 level 3 HTSeqFPKM 格式的NAseq 数据，将 FPKM(Fregments Per Kilobase perMillion)格式的 NAseq 数据转换成了 TPM(tran-scripts per million reads)格式并进行 log2 转化;对样本进行过滤，最终保留 50 对癌旁与 HCC 配对样本。12临床预后分析为了进一步了解 FLVC1 在HCC 各临床分期中的表达趋势，利用 GEPIA 和GSCA 数据库进行分析。GEPIA2(http:/gepia2cancerpkucn/#analysis)ExpressionDIY 模块依次选择 StagePlot、Use major stage(Yes)、Use log2(TPM+1)for logscale(Yes)进而分析 FLVC1 在各临床分期的表达情况。GSCA4(http:/bioinfolifehusteducn/GSCA/#/)验证 FLVC1 在临床分期的表达趋势并探索 FLVC1 与患者生存的关系，具体操作如下:输入基因名、选择 LIHC、勾选 Expression Survival 和 Expression Stage、Search。13功能富集分析利用 Linkedomics(http:/wwwlinkedomicsorg/loginphp)寻找与 FLVC1 正相关和负相关的基因以探索其生物学功能。方法如下:SELECT CANCE COHOT(TCGALIHC)、SE-LECT SEACH DATASET(平台 HiSeq NA，数据类型 Firehose_SEM_log2)、SELECT SEACH DATA-SET ATTIBUTE(输入基因名)、SELECT TAGETDATASET 同 SEACH DATASET。进一步利用仙桃学术在线网站对正相关和负相关的基因列分别进行功能富集分析包括 GO、KEGG 分析。方法如下:选定“功能聚类(圈)”、选定“GO/KEGG 富集分析”、上传“基因列表”、保存“结果”、选定“GO/KEGG 可视化”。14免疫浸润分析利用 TIME(http:/timercis-tromeorg/)数据库基因模块分析 FLVC1 表达与免疫浸润细胞的相关性。Kaplan Meier