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扩展青霉菌实时定量PCR内参基因挖掘与应用_张真真.pdfVIP免费

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第46卷第2期2023年2月合肥工业大学学报(自然科学版)JOURNALOFHEFEIUNIVERSITYOFTECHNOLOGY(NATURALSCIENCE)Vol.46No.2Feb.2023收稿日期:2021-03-22;修回日期:2021-04-25基金项目:国家自然科学基金资助项目(31461143008);农业农村部农业资源环境保护资助项目(125A0605)和徐州医科大学开放基金资助项目(XYKF202104)作者简介:张真真(1993—),女,河南周口人,合肥工业大学硕士生;黄胜雄(1983—),男,四川眉山人,博士,合肥工业大学副教授,硕士生导师,通信作者,E-mail:hsx926@hfut.edu.cn.DOI:10.3969/j.issn.1003-5060.2023.02.018扩展青霉菌实时定量PCR内参基因挖掘与应用张真真1,蒋礼玲2,李婉炘1,王谨凡1,贾举庆3,黄胜雄1(1.合肥工业大学食品与生物工程学院,安徽合肥230601;2.青海大学农林科学院,青海西宁810016;3.山西农业大学农学院,山西晋中030801)摘要:实时定量聚合酶链式反应(polymerasechainreaction,PCR)技术因其高效且便捷的特点在基因表达检测中被广泛应用。实时定量PCR结果数据处理策略之一是使用内参基因进行基因表达数据的标准化。文章基于扩展青霉菌孢子不同生长阶段的RNA-seq数据,挖掘和注释了694个稳定表达的候选内参基因;随机挑选出Knr4、Isy1、Spt5、Nucb、Hp1、Hp2、Whth、Hp3、Gph3、Pwi、Taf4、Hp4、Asy、GTPase在内的14个基因,以4、25℃条件下PDB培养基生长6、12、24、36h的扩展青霉菌为材料,进行实时定量PCR实验。实时定量PCR数据基于geNorm和NormFinder2种软件的综合分析,表明Isy1、Spt5、Nucb、Hp1适合作为内参基因。以Isy1和Spt5分别作为内参基因,检测Gh30基因在4、25℃条件下扩展青霉菌生长发育过程中的基因表达,显示出一致的基因表达水平,进一步验证了挖掘得到的内参基因的可靠性。该研究为扩展青霉菌的分子生物学研究提供了优良的内参基因,同时提供了一种高效的内参基因的挖掘和鉴定方法。关键词:内参基因;扩展青霉菌;RNA-seq数据...

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