DB22T 1820-2013 粮食中串珠镰刀菌的PCR检测.pdf

ICS 67.050 X 04 备案号：37939-2013 DB22 吉林省地方标准 DB 22/T 18202013 粮食中串珠镰刀菌的 PCR 检测 PCR detection of Fusarium moniliform in grains 2013-05-15 发布2013-09-01 实施吉林省质量技术监督局 发 布 本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印DB22/T 18202013 I 前 言 本标准按照GB/T 1.1-2009和GB/T 20001.4-2001给出的规则起草。本标准由吉林省质量技术监督局提出并归口。本标准主要起草单位：吉林省产品质量监督检验院、中华人民共和国吉林出入境检验检疫局。本标准主要起草人：史艳宇、魏春艳、刘金华、王莹、初真林、刘晓晖、周亮、王潇、张涛、王颖、冷喜芳。本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印DB22/T 18202013 1 粮食中串珠镰刀菌的 PCR 检测 1 范围 本标准规定了粮食中串珠镰刀菌的PCR检测方法。本标准适用于粮食中串珠镰刀菌的快速筛选检测。2 规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB 4789.15 食品微生物学检验 霉菌和酵母计数 GB/T 4789.16 食品卫生微生物学检验 常见产毒霉菌的鉴定 GB/T 6682 分析实验室用水规格和试验方法 GB 19489 实验室 生物安全通用要求 WS/T 230 临床诊断中聚合酶链式反应（PCR）技术的应用 3 术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。3.1 串珠镰刀菌 Fusarium moniliform 串珠镰刀菌是一种重要的农作物病原真菌，能引起禾本科作物的根腐、茎腐和穗腐，是玉米青枯病和穗腐病的主要病原真菌之一。3.2 聚合酶链式反应 polymerase chain reaction，PCR 模板DNA先经高温变性成为单链，在DNA聚合酶作用和适宜的反应条件下，根据模板序列设计的两条引物分别与模板DNA两条链上相应的一段互补序列发生退火而相互结合，接着在DNA聚合酶的作用下以四种脱氧核糖核酸（dNTP)为底物，使退火引物得以延伸，然后不断重复变性、退火和延伸这一循环，使位于两段已知序列之间的DNA片段呈几何倍数扩增。4 试剂和材料 除特别说明以外，所用试剂为分析纯或生化试剂。4.1 水：应符合 GB/T 6682 中一级水的规格。4.2 马铃薯-葡萄糖-琼脂培养基（Potato dextrose agar，PDA）：按 GB 4789.15 规定。4.3 CTAB 缓冲液：55 mmol/L CTAB、1 400 mmol/L 氯化钠、20 mmol/L EDTA、100 mmol/L Tris，用10%盐酸（HCl）调 pH 至 8.0，121，20 min 高压灭菌，储存于 2 8。本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印DB22/T 18202013 2 4.4 TE 缓冲液：10 mmol/L Tris、150 mmol/L 氯化钠、2 mmol/L EDTA、1%十二烷基磺酸钠，用 10%盐酸（HCl）调 pH 至 8.0，121，20 min 高压灭菌，储存于 2 8 备用。4.5 RNA 酶溶液（5 g/L）。4.6 蛋白酶 K（20 mg/mL)。4.7 Tris 饱和酚。4.8 酚：三氯甲烷：异戊醇（25：24：1）；三氯甲烷：异戊醇（24：1）。4.9 异丙醇。4.10 70%乙醇。4.11 10PCR 缓冲液：200 mmol/L Tris-HCl（pH8.4），200 mmol/L 氯化钾，15 mmol/L 氯化镁。4.12 引物 上游：5-CTTGGTCATGGGCCAGTCAAGAC-3 下游：5-CACAGTCACATAGCATTGCTAGCC-3 4.13 Taq DNA 聚合酶。4.14 dNTP：dATP、dCTP、dGTP、dTTP。4.15 分子量标记：2 000 bp DNA Marker。4.16 50TAE 电泳缓冲液：称取 484 g Tris，量取 114 mL 冰醋酸，200 mL 0.5 mol/L EDTA，溶于水中，定容至 2 L。分装后高压灭菌备用。使用前稀释成 1TAE 电泳缓冲液（工作液）。4.17 6加样缓冲液：30 mmol/L EDTA、36%（体积分数）甘油、0.05%（质量浓度）二甲苯腈蓝 FF、0.05%(质量浓度)溴酚蓝。4.18 琼脂糖：电泳纯。4.19 阳性质控菌株：来源于正规菌种保藏机构的串珠镰刀菌标准菌株。4.20 阴性质控菌株：来源于正规菌种保藏机构的非目标菌株。5 仪器和设备 5.1 天平：感量 0.001 g。5.2 生物安全柜：AII 型。5.3 霉菌培养箱：28 1。5.4 高压灭菌器。5.5 恒温水浴锅：65 1。5.6 高速冷冻离心机：转速不低于 12 000 r/min。5.7 PCR 仪。5.8 核酸电泳仪。5.9 凝胶成像分析系统。5.10 紫外分光光度计。5.11 涡旋混合器。5.12 微量移液器：0.2 L 2 L、2 L10 L、20 L200 L、100 L1 000 L。5.13 离心管：1.5 mL。6 生物安全措施 为了保护实验室人员的安全，应由具备资格的工作人员检测真菌，所有培养物应小心处置。应按照GB 19489的规定执行。本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印DB22/T 18202013 3 7 废弃物处理和防止污染的措施 7.1 检验过程中的废弃物需经 121 高压灭菌处理至少 30 min 后再弃置。7.2 检验过程中防止交叉污染的措施按 WS/T 230 执行。8 检测 8.1 样品制备与培养 参照GB 4789.15对样品进行稀释与培养。8.2 串珠镰刀菌的初步鉴定 参照GB/T 4789.16进行。9 DNA 提取 9.1 DNA 模板制备 从培养平皿上刮取菌丝0.2 g0.5 g于1.5mL 离心管，加入少许石英砂用细玻璃棒充分碾碎菌丝，加入500 L CTAB、40 L蛋白酶K，震荡均匀，65 水浴30 min；加入500 L酚：三氯甲烷：异戊醇(25：241)，强烈震荡，12 000 r/min 离心15 min；吸取上层水相至1.5 mL离心管中，加入等体积的异丙醇，震荡混匀，1 2000 r/min离心10 min；弃上清液，用预热至65 TE缓冲液溶解DNA（TE量视DNA沉淀的多少而定）；加入5 LRNA 酶溶液，37 水浴30 min；加入200 L三氯甲烷：异戊醇(241)，强烈震荡，12 000 r/min 离心15 min；吸取上层水相至新的1.5 mL 离心管中，加入等体积的异丙醇，震荡均匀，1 2000 r/min 离心10 min；弃上清液，加入1mL70%冰乙醇洗涤沉淀DNA，12 000 r/min 离心1 min；弃上清液，无菌条件下自然干燥，加预热至65 TE缓冲液溶解DNA。（如不能及时检验，可将提取液于-20 保存）。也可使用等效的真菌基因组DNA提取试剂盒。9.2 DNA 浓度测定 采用紫外分光光度法测定DNA，所测得OD值为核酸总量。紫外分光光度法检测核酸浓度的最佳范围是2 g/mL50 g/mL，值应该在0.051的区间内。将DNA溶液做适当的稀释，放入紫外分光光度计的比色皿中，于260 nm处测定其吸收值，1 OD260nm=50 g/mL双链DNA或38 g/mL单链DNA。PCR级DNA溶液的OD260nm/OD280nm比值为1.72.0。9.3 PCR 检测 9.3.1 空白对照、阴性对照和阳性对照试验 检验过程中分别设空白对照、阴性对照、阳性对照。空白对照设为以水代替DNA模板；阴性对照采用非目标菌的DNA作为PCR反应的模板；阳性对照采用串珠镰刀菌DNA作为PCR反应的模板。9.3.2 PCR 反应体系 本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印DB22/T 18202013 4 表1 PCR 反应体系反应体系 试 剂 加入量（L）10PCR buffer 2.5 dNTP 溶液(10 mmol/L)0.5 Taq DNA 聚合酶(5 U/L)0.2 上游引物(10 mol/L)1.0 下游引物(10 mol/L)1.0 DNA 模板（100 ng/L)2.0 补水至 25 9.3.3 PCR 扩增条件 94 预变性3 min，94 变性45 s，60 退火1 min，72 延伸1 min，共35个循环，最后72 延伸5 min。不同仪器、不同Taq DNA聚合酶可根据要求将反应条件做适当调整。9.3.4 凝胶电泳检测 PCR 产物 用电泳缓冲液（1TAE）制备1.0%1.2%琼脂糖凝胶（55 60 时加入溴化乙锭至终浓度为0.5 g/mL，也可在电泳后进行染色）。取8 L15 L PCR扩增产物，分别和2 L上样缓冲液混合，进行点样，用2 000 bp DNA Marker作参照。9 V/cm恒压电泳，电泳40 min60 min，电泳检测结果用凝胶成像分析系统记录并保存。10 结果描述与判定 在阴性对照未出现条带，阳性对照出现预期1.6 kb的扩增条带条件下，如测试样品未出现1.6 kb的扩增条带，表示样品中无串珠镰刀菌核酸；如测试样品出现1.6 kb扩增条带则表明样品中存在串珠镰刀菌核酸。_ 本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印本标准仅供内部使用 不得翻印