多组学分析LARP1在泛癌中的表达及其与患者预后、肿瘤微环境的关系.pdf

当代医药论丛 2023 年 第 21 卷 第 12 期临床医学36炎治疗前后局部免疫状态的变化分析 J.系统医学,2018,3(14):121-123.2李耀宗,李玲.探究沙眼衣原体性宫颈炎患者应用阿奇霉素治疗的临床疗效及药学分析 J.养生保健指南,2021,18(20):99.3吴娅敏.阿奇霉素治疗沙眼衣原体性宫颈炎的临床药学分析 J.临床医药文献电子杂志,2020,7(6):154.4王媛.干扰素配合阿奇霉素治疗沙眼衣原体性宫颈炎疗效研究 J.现代医药卫生,2018,31(7):1072-1073.5陈云霞.阿奇霉素治疗沙眼衣原体性宫颈炎的临床疗效分析 J.临床普外科电子杂志,2020,4(12):2684-2685.6余帆.阿奇霉素与阴道栓剂联合应用在非淋菌性宫 颈 炎 治 疗 中 的临床疗效分析 J.中国社区医师,2020,10(12):28-29.7冯庆丰.阿奇霉素与阴道栓剂联合在非淋菌性宫颈炎治疗中的临床疗效评价 J.医药前沿,2021,25(13):70-71.8翁梅英,付帅,冯淑英.沙眼衣原体性宫颈炎治疗前后局部免疫状态改变研究 J.国际医药卫生导报,2019,16(24):3569-3571.9余慧敏,陈勇.生殖道沙眼衣原体持续性感染研究进展 J.右江民族医学院学报,2018,2(16):309-311.10 何印蕾.支原体、衣原体感染及抗精子抗体、抗子宫内膜抗体与女性不孕症相关性探讨 J.右江医学,2017,34(2):163-164.11 姜婷婷,陈祥生.生殖道沙眼衣原体自我采样传递检测的研究进展 J.中国艾滋病性病,2022,28(6):758-760.12 郑 熠,胡 权.生 殖 道 沙 眼 衣 原 体 感 染 的 分 子 流行病学研究进展 J.国际流行病学传染 病 学 杂志,2018,1(26):58-61.13 王 惠 榕,萧 剑 雄.福 州 市 生 殖 道 沙 眼 衣 原 体 的MLST 分子流行病学研究 J.中国人兽共患病学报,2018,9(5):285-287.14 李少儒,赵淑珍,张全华,等.盐酸米诺环素对非淋菌性宫颈炎患者HBD-1、HBD-2及HBD-3表达的影响J.成都医学院学报,2018,13(5):564-567.15 陶震,孙海艳.盐酸米诺环素联合阿奇霉素治疗非淋菌性宫颈炎疗效观察 J.中国合理 用 药 探索,2019,8(13):1968-1970.16 旷燕飞.清热益气颗粒剂对衣原体感染引起的宫颈炎 hBD-2 表达的影响及疗效观察 J.湖南中医药大学,2018,5(26):36.17 肖锋,李腾蛟,邱洁,等.慢性宫颈炎患者支原体及沙眼衣原体检测分析探究 J.国际医药卫生导报,2018,20(7):2716-2718.18 付文静,郭光红,付爱峰,等.女性生殖道沙眼衣原体感染免疫病理机制研究现状 J.中国皮肤性病学杂志,2018,5(11):1061-1063.多组学分析LARP1在泛癌中的表达及其与患者预后、肿瘤微环境的关系刘鑫，胡福境，苏颖，曾毅飞，潘芳莲，覃桂聪*(广西医科大学附属武鸣医院消化内科，广西南宁530199)摘要 目的：利用生物信息学方法，采用多个数据库对 RNA 结合蛋白 La 相关蛋白 1(LARP1)在泛癌中的作用进行分析探讨，根据多组学数据阐明 LARP1 与肿瘤的关系。方法：采用TIMER、UALCAN、cBioPortal、SangerBox 数据库等多个数据库综合分析 LARP1 mRNA 和蛋白在多种肿瘤组织与正常组织中的表达差异，LARP1 基因在不同肿瘤中的启动子甲基化和突变情况，并分析各种肿瘤组织中 LARP1 蛋白表达与肿瘤免疫浸润细胞之间的相关性及 LARP1 与免疫检查点的关系。结果：LARP1 mRNA 和蛋白在多种肿瘤组织中的表达量明显高于正常组织，其表达量的高低与多种恶性肿瘤预后具有显著的相关性；在 ACC、BLCA、BRCA、CESC、COAD 等 19 种肿瘤组织中，LARP1 与多种免疫细胞间表现出显著的相关性，提示 LARP1 可参与肿瘤微环境的调控，可能与肿瘤免疫浸润有关。在大多数肿瘤中，LARP1与免疫检查点基因的表达有明显的相关性。结论：多组学泛癌分析发现，LARP1 在多种肿瘤中表达升高，与肿瘤的预后密切相关，可参与肿瘤的免疫调节，可能成为有效治疗肿瘤的重要靶点。关键词 La 相关蛋白 1；泛癌；多组学；免疫；生物信息学 中图分类号 R73 文献标识码 A 文章编号 2095-7629-（2023）12-0036-07RNA 结 合 蛋 白(RBP)具 有 高 度 动 态 的 时 空 调控作用和重要的生物学功能，它们通过转录后控制RNA 的加工和运输，包括调节 RNA 剪接、聚腺苷酸化、mRNA 稳定性、mRNA 定位和翻译，对维持转录组稳定至关重要1。人类 RBPs 约有 2000 种，占蛋白质编码基因的 7.5%。越来越多的研究表明，RBPs 介导的 RNA 修饰在癌症进展中具有重要作用，它们可在不同类型的癌症中异常表达，同时可调节癌基因和抑癌基因的表达和功能2。La 相关蛋白 1(LARP1)是一种进化保守的 RNA 结合蛋白，属于 LARP 超家族的一员。它在果蝇体内首次被发现，被证明可与聚腺苷酸结合蛋白(PABP)结合，是胚胎发育和生育所必需的 RNA 结合蛋白。研究表明，LARP1 是哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)通路与 TOP mRNA 调控之间基金项目：广西壮族自治区卫生和计划生育委员会自筹经费科研课题，基金合同号：Z2015357*通讯作者：覃桂聪，E-mail：当代医药论丛 2023 年 第 21 卷 第 12 期临床医学37的重要的链接蛋白，是 mTORC1 的底物，通过它的多个结构域如 LaM、RRM-L、PABP 结合域、DM15 域的 mRNA 结合，既可以调节以 5 末端寡核苷酸(5TOP)基序为特征的 mRNA 的稳定性和转译，也可与某些5TOP mRNA 的 3 端多聚 A 尾结合调节 mRNA 的功能3。在宫颈癌、乳腺癌、肝癌、肺癌等多种癌症中，LARP1 的高表达与临床转归之间的关系密切4-6。虽然研究表明 LARP1 在多种肿瘤中均有促癌的作用，但目前仍缺乏它在泛癌中作用及相关机制的分析。因此，本研究运用多种数据库对 LARP1 的功能进行了系统分析，利用多组学数据证明 LARP1 是影响患者肿瘤发生和临床预后的关键分子，也是泛癌微环境中的关键调控因子。1资料与方法1.1基于 TIMER 数据库分析 LARP1 在肿瘤组织中的表达谱TIMER 2.0（http:/timer.cistrome.org/）是一个分析各种癌症中免疫细胞浸润的在线资源数据库。该数据库采用反卷积方法作为统计方法，可从基因表达谱中推断肿瘤组织中免疫细胞的浸润丰度。本研究主要是应用 Cancer Exploration 模块中的 Gene_DE 模块分析LARP1在33种TCGA数据库肿瘤组织中的表达。1.2不同肿瘤组织中 LARP1 蛋白的表达水平以及启动子甲基化水平应用 UALCAN 数据库（http:/ualcan.path.uab.edu/）分析 LARP1 在乳腺癌（BRCA）、卵巢癌（OV）、结肠癌（COAD）、肾透明细胞癌（KIRC）、子宫内膜癌（UCEC）和肺腺癌（LUAD）组织中的表达情况及甲基化情况。1.3LARP1 基因在 肿瘤中的改变情况 应 用 cBioPortal 数 据 库（https:/www.cbioportal.org/）分析 LARP1 在肿瘤中的改变情况。1.4 分析 LARP1 与肿瘤临床病理分期的关系 应用 R 语言(3.6.3 版本)ggplot2(3.3.3 版本)R 包对 TCGA 数据库中的肿瘤数据进行分析，应用多重假设检验(Dunns test)法分析 LARP1 在不同肿瘤分期中的意义。1.5预后分析根据 Kaplan-Meier 曲线分析 29 种癌症中 LARP1表达与患者预后包括总生存期(OS)、疾病特异性生存期(DSS)之间的关系。应用单因素生存分析法计算危险比(HRs)和 95%置信区间。1.6肿瘤中 LARP1 与免疫细胞浸润的相关性采用TCGA 数据库的数据，应用 R 语言(3.6.3 版本)GSVA 包(1.34.0 版本)(Hnzelmann et al,2013)中的 ssGSEA 分析各种肿瘤中 LARP1 与 24 种免疫细胞浸润的相关性，结果以热图显示。1.7肿瘤中 LARP1 与免疫检查点的相关性分析采 用 SangerBox 数 据 库，对 LARP1 蛋 白 表 达水平与免疫检查点基因表达水平的相关性进行分析。在 UCSC(https:/ 据 库 中 下载 经 统 一 标 准 化 的 泛 癌 数 据 集：TCGA TARGET GTEx(PANCAN,N=19131,G=60499),进 一 步 从 中 提取 LARP1 基 因 和 60 个 两 类 免 疫 检 查 点 途 径 基 因Inhibitory(24)、Stimulatory(36)，对每一个表达值进行log2(x+0.001)变换，计算 LARP1 与免疫途径标记基因的 pearson 相关性。2统计分析采用 R 软件包（3.6.3 版本）进行统计学分析。采用 Mann-Whitney U 检验法分析 LARP1 mRNA 在泛癌中的表达情况，将 Survival 包（3.2-10 版本）用于生存治疗分析，采用 Bonferroni 法校正的显著性水平多重假设检验(Dunns test)法分析 LARP1 与病理分期的相关性，将 GSVA 包(1.34.0 版本)用于免疫浸润关联性分析。3结果3.1泛癌中 LARP1 mRNA 的表达水平TIMER 数据库分析结果显示，相较于正常组织，LARP1 在 BLCA、BRCA、CHOL、COAD、HNSC、KICH、LIHC、LUAD、LUSC、PRAD、STAD中的表达明显升高，差异有统计学意义（P 0.05）；在 GBM、KIRP、THCA 中的表达明显减低（P 0.05）。见图 1。ACC：Adrenocortical carcinoma；BLCA：Bladder urothelial carcinoma；B RCA：Breast cancer；CESC：Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma；CHOL：Cholangiocarcinoma；COAD：Colon adenocarcinoma；DLBC：Lymphoid neoplasm diffuse large B-cell lymphoma；ESCA：Esophageal carcinoma；GBM：Giloblastoma multiforme；HNSC：Head and neck squamous cell carcinoma；KICH：Kidney chromophobe；KIRC：Kidney renal clear cell carcinoma；KIRP：当代医药论丛 2023 年 第 21 卷 第 12 期临床医学38Kidney renal papillary cell carcinoma；AML：Acute myeloid leukemia；BLGG：Brain lower grade glioma；LIHC：Liver hepatocellular carcinoma；LUAD：Lung adenocarcinoma；LUSC：Lung squamous cellcarcinoma；MESO：Mesothelioma；OV：Ovarian serous cystadenocarcinoma；PAAD：Pancreatic adenocarcinoma；PCPG：Pheochromocytoma and paragan