DB14T 2663-2023 实验用小型猪 遗传质量控制.pdf

ICS65.020.30CCS B 4414山西省地方标准DB 14/T 26632023实验用小型猪 遗传质量控制2023-01-18 发布2023-04-18 实施山西省市场监督管理局发 布DB 14/T 26632023I目次前言.II1范围.12规范性引用文件.13术语和定义.14遗传分类及命名.15繁殖方法.26遗传质量监测.27判定结论.68报告.6DB 14/T 26632023II前言本文件按照GB/T 1.12020标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则的规定起草。本文件由山西省科学技术厅提出、组织实施和监督检查。山西省市场监督管理局对标准的组织实施情况进行监督检查。本文件由山西省实验动物标准化技术委员会归口。本文件起草单位：山西医科大学。本文件主要起草人：宋国华、高继萍、陈朝阳、王晓堂、宋晓娜、杨钧婷、闫晓如、郭永昌。DB 14/T 266320231实验用小型猪 遗传质量控制1范围本文件规定了实验用小型猪的遗传分类与命名、繁殖方法、遗传质量监测、判定结论和报告。本文件适用于实验用小型猪的遗传质量控制。2规范性引用文件下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB 14923实验动物 哺乳类实验动物的遗传质量控制NY/T 1673 畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程3术语和定义下列术语和定义适用于本文件。实验用小型猪 experimental minipig经人工饲育，对其携带的病原微生物和寄生虫实行控制，遗传背景明确或者来源清楚，用于科学研究、教学、生产、检定以及其他科学实验的小型猪。近交系 inbred strain经连续 20 代及以上的全同胞兄妹或亲代与子代交配培育而成，品系内所有个体都可追溯到起源于第 20 代或以后代数的一对共同祖先。近交系数（inbreeding coefficient）应大于 99%。封闭群 closed colony以非近亲交配方式进行繁殖生产的实验动物种群，在不从外部引入新个体的条件下，至少连续繁殖4 代以上。4遗传分类及命名遗传分类根据遗传特点的不同，实验用小型猪分为近交系和封闭群。命名4.2.1近交系命名近交系一般以大写英文字母或加阿拉伯数字命名，符号应尽量简短，如 WSZ。4.2.2近交代数DB 14/T 266320232近交代数用大写英文字母 F 表示。例如当一个近交系的近交代数为 30 代时，写成（F30）。4.2.3其它近交系亚系、重组近交系、重组同类系、同源突变近交系、同源导入近交系的定义和命名按照 GB 14923执行。4.2.4封闭群命名封闭群的命名按照 GB 14923 执行。5繁殖方法近交系实验用小型猪繁殖方法5.1.1原则保持近交系实验用小型猪的同基因性及基因纯合性。5.1.2引种近交系实验用小型猪繁殖用种子应来自于近交系的基础群或血缘扩大群，遗传背景明确，有完整的资料（包括品系名称、来源、近交代数、遗传基因特点及主要生物学特征等）。5.1.3方法基础群、血缘扩大群和生产群的繁殖方法按照 GB 14923 执行。当近交系小型猪生产供应数量不是很大时，一般不设血缘扩大群，仅设基础群和生产群。封闭群实验用小型猪繁殖方法5.2.1原则保持封闭群小型猪的基因异质性和多态性，以非近亲交配方式进行繁殖,避免近交系数随繁殖代数增加而过快上升。5.2.2引种5.2.2.1封闭群小型猪繁殖用种子应遗传背景明确，有完整的资料（包括种群名称、来源、近交代数、遗传基因特点及主要生物学特性等）。5.2.2.2根据繁殖方式，在保证每代近交系数增量不大于 1%的前提下，决定最小引种规模。宜采用循环交配方式，最小引种规模为 13 对无血缘关系（三代以内无共同祖先）的公母猪；若采用随机交配的方式，最小引种规模为 25 对无血缘关系的公母猪。5.2.3方法具体繁殖方法按照 GB 14923 执行。6遗传质量监测近交系实验用小型猪的遗传质量监测DB 14/T 2663202336.1.1监测方法采用微卫星 DNA 标记检测方法。具体方法按照 NY/T 1673 执行，各微卫星 DNA 标记的染色体位置、等位基因数、等位基因分布范围、引物序列、荧光标记、退火温度、镁离子浓度等见表 1。表 1各微卫星位点的名称、引物序列、PCR 反应的退火温度、镁离子浓度（Mg2+）、荧光标记、染色体位置、等位基因数、等位基因分布范围座位名称引物序列53退火温度（）Mg2+(mmol/L)5 荧光标记染色体位置等位基因数等位基因分布范围（bp）CGAF-ATAGACATTATGTAAGTTGCTGATR-GAACTTTCACATCCCTAAGGTCGT552.5FAM1q12250-320SW240F-AGAAATTAGTGCCTCAAATTGGR-AAACCATTAAGTCCCTAGCAAA551.5TAMRA2P896-115SW72F-ATCAGAACA GTGCGCCGTR-GTTTGAAAATGGGGTGTTTCC551.5TAMRA3P8100-116S0005F-TCCTTCCCTCCTGGTAACTAR-GCACTTCCTGATTCTGGGTA553.0FAM5q10205-248S0090F-CCAAGACTGCCTTGTAGGTGAATAR-GCTATCAAGTATTGTACCATTAGG551.5TAMRA12q4244-251SW769F-GGTATGACCAAAAGTCCTGGGR-TCTGCTATGTGGGAAGAATGC553.0HEX137106-140SW857F-F-TGAGAGGTCAGTTACAGAAGACCR-GATCCTCCTCCAAATCCCAT551.5TAMRA146144-160S0355F-TCTGGCTCCTACACTCCTTCTTGATGR-GTTTGGGTGGGTGCTGAAAAATAGGA553.0HEX1514243-277SW24F-CTTTGGGTGGAGTGTGTGCR-ATCCAAATGCTGCAAGCG551.5FAM17896-121S0218F-GTGTAGGCTGGCGGTTGTR-CCCTGAACCCTAAAGCAAAG551.5TAMRAX8164-184注：F 表示正向引物，R 表示反向引物。6.1.2时间间隔近交系实验用小型猪生产群每年至少进行 1 次遗传质量检测。6.1.3抽样对基础群，凡在子代留有种猪的双亲动物都应进行检测。对生产群，按照表 2 要求从每个近交系中随机抽取非同窝成年实验用小型猪，公母各半。表 2近交系实验用小型猪生产群遗传监测抽样要求DB 14/T 266320234生产群中母猪数量（N 头）抽样数量（头）N5045010066.1.4结果判定近交系实验用小型猪遗传质量监测结果判定按照表 3 执行。表 3近交系实验用小型猪遗传质量监测结果判定监测结果判定与标准遗传概貌完全一致未发现遗传变异，合格有一个位点的标记基因与标准遗传概貌不一致遗传发生变异，不合格封闭群实验用小型猪遗传质量监测6.2.1监测方法采用微卫星 DNA 标记检测方法。具体方法按照 NY/T 1673 执行，各微卫星 DNA 标记的染色体位置、等位基因数、等位基因分布范围、引物序列、退火温度、镁离子浓度等见表 4。表 4各微卫星位点的名称、引物序列、PCR 反应的退火温度、镁离子浓度（Mg2+）、染色体位置、等位基因数、等位基因分布范围座位名称引物序列（53）退火温度()镁离子浓度(mmol/L)染色体位置等位基因数等位基因分布范围（bp）SW974GGTGAAGTTTTTGCTTTGAACCGAAAGAAATCCAAATCCAAACC582.0117129-175S0091TCTACTCCAGGAGATAAGCCAGATCAGTGACTCCATGCACAGTTATGA551.521496-174SW240AGAAATTAGTGCCTCAAATTGGAAACCATTAAGTCCCTAGCAAA581.521192-114SW1066GCAGGATGAACCACCCTGCTCTTGAGGCAACCTGCTG602.0319166-214SW1089TTTTCCCCTTCACTCACCCGATCAAAGTCCCTTACTCCGG581.5410142-190S0005TCCTTCCCTCCTGGTAACTAGCACTTCCTGATTCTGGGTA542.0511204-244SW1057TCCCCTGTTGTACAGATTGATGTCCAATTCCAAGTTCCACTAGC582.0614142-191SW632TGGGTTGAAAGATTTCCCAAGGAGTCAGTACTTTGGCA542.079148-173OPNCCAATCCTATTCACGAAAAAGCCAACCCACTTGCTCCCAC592.0812138-170DB 14/T 266320235表4各微卫星位点的名称、引物序列、PCR反应的退火温度、镁离子浓度（Mg2+）、染色体位置、等位基因数、等位基因分布范围（续）座位名称引物序列（53）退火温度()镁离子浓度(mmol/L)染色体位置等位基因数等位基因分布范围（bp）SW29AGGGTGGCTAAAAAAGAAAAGGATCAAATCCTTACCTCTGCAGC612.0812133-187SW911CTCAGTTCTTTGGGACTGAACCCATCTGTGGAAAAAAAAAGCC602.0914151-178SW511AAGCAGGAATCCCTGCATCCCCAGCCACCAGTCTGAC621.5912161-196SWr158TCCAATTCAACTCCTGGCTCGAATGTGCACATACCACATGC602.01018158-200SW951TTTCACAACTCTGGCACCAGGATCGTGCCCAAATGGAC581.51014108-142SW271TTCCAGTGGCTTTCTGTGCCATTCATTCCCAGTGAAACTTG581.51113111-144S0386TCCTGGGTCTTATTTTCTATTTTTATCTCCAACAGTAT482.01112155-178S0068CCTTCAACCTTTGAGCAAGAACAGTGGTCTCTCTCCCTCTTGCT622.01310210-256SWr1008ACAGCCACCAACAGTGTTTGGAACTTCCATATGCTGCAAGTG622.0131698-256S0007TTACTTCTTGGATCATGTCGTCCCTCCTCATAATTTCTG542.01415142-192SW857TGAGAGGTCAGTTACAGAAGACCGATCCTCCTCCAAATCCCAT582.01416129-173SWr312ATCCGTGCGTGTGTGCATCTGGTGGCTACAGTTCCGAT641.51511116-136SW81GATCTGGTCCTGCACAGGGGGGGCTCTCAGGAAGGAG601.5168128-144SWr1120CAAATGGAACCCATTACAGTCCACTCCTAGCCCAGGAGCTTC601.51711147-178S0062AAGATCATTTAGTCAAGGTCACAGTCTGATAGGGAACATAGGATAAAT562.01812144-204S0218GTGTAGGCTGGCGGTTGTCCCTGAAACCTAAAGCAAAG541.5X11158-1966.2.2时间间隔封闭群实验用小型猪生产群每年至少进行 1 次遗传质量检测。6.2.3抽样按照表 5 要求从每个封闭群中随机抽取非同窝成年实验用小型猪，公母各半。DB 14/T 266320236表 5封闭群实验用小型猪遗传质量监测抽样要求群体