42卷海洋通报http://hytb.ijournals.cn海洋通报MARINESCIENCEBULLETIN基于特定序列的长牡蛎视黄酸反应元件预测李言柯1，徐晓莹2，魏磊1，黄宝玉1，张美溦1，韩怡静1，刘雅琼1，王晓梅3，王晓通1（1.鲁东大学农学院，山东烟台264025；2.烟台市海洋经济研究院，山东烟台264034；3.中国水产科学研究院长岛增殖实验站，山东烟台265800）摘要：视黄酸受体和核受体超家族中的大部分成员对细胞整个分化、增殖过程都具有调控功能。视黄酸受体结合配体后激活，通过结合靶基因启动子区特定的核苷酸序列调控靶基因表达。视黄酸受体结合序列是由核心序列[A/G]G[T/G]TCA间隔不同碱基构成的重复序列，称为视黄酸反应元件。为了实现对长牡蛎基因组中含有的视黄酸反应元件的快速筛选预测，本研究利用Perl工具编写了一个可以批量筛选视黄酸反应元件的脚本，并对长牡蛎基因组中启动子区域序列进行筛选预测，共筛选到412个启动子区含有视黄酸反应元件的基因。随后，将这些基因在各种数据库中比对分析，预测其参与的生物学过程及可能的生物学功能。结果显示，大部分基因与蛋白质结合、核苷酸结合、水解酶活性、蛋白激酶活性等功能有关。关键词：长牡蛎；视黄酸受体；视黄酸反应元件；基因组；Perl中图分类号：P714+.5；Q811.4；TP313文献识别码：A文章编号：1001-6932(2023)04-0398-09Doi:10.11840/j.issn.1001-6392.2023.04.004收稿日期：2022-06-04；修订日期：2022-07-19基金项目：国家自然科学基金（41876193；41906088；42076088）；国家重点研发计划（2018YFD0901400）；山东省泰山学者专项基金（tsqn201812094）；山东省现代农业产业技术体系(SDAIT-14-03）；山东省高等学校“青创科技计划”（2019KJF004）作者简介：李言柯，硕士研究生，主要从事海洋生物基因组学研究，电子邮箱：leeray001@163.com通信作者：刘雅琼，博士，讲师，主要从事分子生物学研究，电子邮箱：lyqpka@163.com王晓梅，博士，副研究员，主要从事海洋生物学研究，电子邮箱：wangxiaom@cafs.ac.cnPredictionofretinoicacidresponseelementsbasedonspecificsequencesinthepacificoysterCrassostreagigasLIYanke1,XUXiaoying2,WEILei1,HUANGBaoyu1,ZHANGMeiwei1,HANYijing1,LIUYaqiong1,WANGXiaomei3,WANGXiaotong1（1.SchoolofAgriculture,LudongUniversity,Yantai264025,China;2.YantaiInstituteofMarineEconomy,Yantai264034,China;3.ChangdaoEnhancementandExperimentStation,ChineseAcade...
