基于生物信息学分析KDM1...肝细胞癌组织中的表达及意义_刘振华.pdf

生物信息学 d o i:1 0.3 9 6 9/j.i s s n.1 6 7 1-8 3 4 8.2 0 2 3.0 8.0 1 7网络首发 h t t p s:/k n s.c n k i.n e t/k c m s/d e t a i l/5 0.1 0 9 7.R.2 0 2 3 0 2 0 8.1 6 3 0.0 0 2.h t m l(2 0 2 3-0 2-0 9)基于生物信息学分析K DM 1 A在肝细胞癌组织中的表达及意义*刘振华1,王 宁2,李克跃1,汤可立1,徐 贵1,丁 杰3,张 毅1(1.贵州省人民医院肝胆外科三部/器官移植科,贵阳 5 5 0 0 0 2;2.贵州省骨科医院药剂科,贵阳 5 5 0 0 0 2;3.贵州省人民医院胃肠外科,贵阳 5 5 0 0 0 2)摘要 目的 分析赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1(K DM 1 A)在肝细胞癌(HC C)组织中的表达及意义。方法 通过KM-p l o t t e r网站分析癌症基因组图谱(T C GA)数据库、高通量基因表达(G E O)数据库收集的HC C组织及肝血管瘤旁正常肝组织中的R NA测序数据,比较K DM 1 A基因在HC C基因及正常肝组织中的表达及其临床意义;收集贵州省人民医院HC C免疫组织化学石蜡切片6 0例(分K DM 1 A高表达4 0例,低表达2 0例),正常肝组织2 0例,检测K DM 1 A的表达水平,并分析其表达水平与HC C患者临床病理特征间的关系,通过K a p l a n-M e i e r分析K DM 1 A表达水平与HC C患者的生存关系。结果 G E O、T C GA数据库HC C数据集分析结果显示K DM 1 A基因在HC C中的表达水平较正常肝组织高(P0.0 1);免疫组织化学结果显示K DM 1 A在HC C组织中的表达水平也高于正常肝组织(P0.0 1);K DM 1 A表达与HC C患者肿瘤最大径、微血管侵犯、T NM分期有关。生物信息学分析结果显示K DM 1 A基因与HC C患者的生存期相关,K DM 1 A基因高表达者总生存期(O S)、无复发生存期(R F S)、无进展生存期(P F S)、疾病特异性生存期(D S S)较K DM 1 A基因低表达者短(P 0.0 1);H C C患者中K DM 1 A高表达者较K DM 1 A低表达者O S更短(P 0.0 1)。结论 K DM 1 A高表达为H C C患者预后不良的影响因素之一。关键词 赖氨酸特异性去甲基化酶1;原发性肝癌;生物信息学;癌症基因组图谱 中图法分类号 R 7 3-3 7 文献标识码 A 文章编号 1 6 7 1-8 3 4 8(2 0 2 3)0 8-1 2 0 2-0 6E x p r e s s i o n a n d s i g n i f i c a n c e o f K DM 1 A i n h e p a t o c e l l u l a r c a r c i n o m a t i s s u e s b a s e d o n b i o i n f o r m a t i c sL I U Z h e n h u a1,WANG N i n g2,L I K e y u e1,T ANG K e l i1,XU G u i1,D I NG J i e3,ZHANG Y i1(1.S e c t i o n o f O r g a n T r a n s p l a n t a t i o n/T h i r d D e p a r t m e n t o f H e p a t o b i l i a r y S u r g e r y,G u i z h o u P r o v i n c i a l P e o p l es H o s p i t a l,G u i y a n g,G u i z h o u 5 5 0 0 0 2,C h i n a;2.D e p a r t m e n t o f P h a r m a c y,G u i z h o u p r o v i n c i a l O r t h o p e d i c H o s p i t a l,G u i y a n g,G u i z h o u 5 5 0 0 0 2,C h i n a;3.D e p a r t m e n t o f G a s t r o i n t e s t i n a l S u r g e r y,G u i z h o u P r o v i n c i a l P e o p l es H o s p i t a l,G u i y a n g,G u i z h o u 5 5 0 0 0 2,C h i n a)A b s t r a c t O b j e c t i v e T o a n a l y z e t h e e x p r e s s i o n a n d s i g n i f i c a n c e o f K DM 1 A i n h e p a t o c e l l u l a r c a r c i n o m a(HC C)t i s s u e s.M e t h o d s T h e KM-p l o t t e r w e b s i t e w a s u s e d t o a n a l y z e t h e R NA s e q u e n c i n g d a t a o f HC C t i s-s u e s a n d n o r m a l l i v e r t i s s u e s a d j a c e n t t o h e p a t i c h e m a n g i o m a c o l l e c t e d f r o m t h e c a n c e r g e n o m e a l t a s(T C GA)d a t a b a s e a n d G e n e E x p r e s s i o n Om n i b u s(G E O).T h e e x p r e s s i o n a n d c l i n i c a l s i g n i f i c a n c e o f K DM 1 A w e r e c o m p a r e d b e t w e e n t h e HC C t i s s u e s a n d n o r m a l l i v e r t i s s u e s.S i x t y c a s e s o f HC C p a r a f f i n s e c t i o n a n d 2 0 c a s e s o f n o r m a l l i v e r t i s s u e i n t h i s h o s p i t a l w e r e c o l l e c t e d t o d e t e c t t h e K DM I A e x p r e s s i o n l e v e l a n d t h e r e l a t i o n s h i p b e t w e e n i t s e x p r e s s i o n l e v e l a n d t h e c l i n i c o p a t h o l o g i c a l c h a r a c t e r i s t i c s i n t h e p a t i e n t s w i t h HC C w a s a n a l y z e d.T h e r e l a t i o n s h i p b e t w e e n t h e K DM 1 A e x p r e s s i o n l e v e l a n d s u r v i v a l p e r i o d i n t h e p a t i e n t s w i t h HC C w a s a n a-l y z e d b y K a p l a n-M e i e r.R e s u l t s T h e HC C d a t a s e t a n a l y s i s o f G E O a n d T C GA d a t a b a s e s s h o w e d t h a t t h e e x-p r e s s i o n l e v e l o f K DM I A g e n e i n HC C w a s h i g h e r t h a n t h a t i n t h e n o r m a l l i v e r t i s s u e s(P0.0 1);t h e i mm u-n o h i s t o c h e m i c a l d e t e c t i o n r e s u l t s s h o w e d t h a t K DM 1 A e x p r e s s i o n l e v e l i n HC C t i s s u e s w a s a l s o h i g h e r t h a n t h a t i n n o r m a l l i v e r t i s s u e s(P0.0 1).T h e p a t i e n t s w i t h K DM 1 A h i g h e x p r e s s i o n h a d s h o r t e r O S t h a n t h o s e2021重庆医学2 0 2 3年4月第5 2卷第8期*基金项目:贵州省人民医院青年基金项目(G Z S YQN2 0 1 80 1)。作者简介:刘振华(1 9 8 4-),副主任医师,博士,从事肝癌基础与临床研究。通信作者,E-m a i l:6 5 1 2 4 2 9 8 5q q.c o m。w i t h K DM 1 A l o w e x p r e s s i o n(P0.0 1).T h e K DM 1 A e x p r e s s i o n w a s a s s o c i a t e d w i t h t h e t u m o r m a x i m a l d i-a m e t e r,m i c r o v a s c u l a r i n v a s i o n a n d T NM s t a g e i n t h e p a t i e n t s w i t h HC C.T h e b i o i n f o r m a t i c s a n a l y s i s r e s u l t s s h o w e d t h a t t h e K DM I A g e n e w a s a s s o c i a t e d w i t h t h e s u r v i v a l p e r i o d i n t h e p a t i e n t s w i t h HC C.T h e o v e r a l l s u r v i v a l(O S),r e c u r r e n c e-f r e e s u r v i v a l(R F S),p r o g r e s s i o n-f r e e s u r v i v a l(P F S)a n d d i s e a s e-s p e c i f i c s u r v i v a l(D S S)i n t h e p a t i e n t s w i t h K DM I A g e n e h i g h e x p r e s s i o n w e r e