宏基因组二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎16例临床分析_郑君.pdf

第 41 卷第 2 期2023 年 4 月广东医科大学学报JOURNAL OF GUANGDONG MEDICAL UNIVERSITYVol.41 No.2Apr.2023180and proliferationJ.Front Endocrinol(Lausanne),2021,23:648141.29 BEDDY P,RIDGWAY P F,GEOGHEGAN T,et al.Inguinal hernia repair protects testicular function:A prospective study of open and laparoscopic herniorraphyJ.J Am Coll Surg,2006,203(1):17-23.30 ELZANANTY S,RICHTHOFF J,MALM J,et al.The impact of epididymal and accessory sex gland function on sperm motilityJ.Hum Reprod,2002,17(11):2904-2911.31 MAHMOUD A M,GESLEVICH J,KINT J,et al.Seminal plasma alpha-glucosidase activity and male infertilityJ.Hum Reprod,1998,13(3):591-595.32 曹新岭,张管平,李涛.腹腔镜腹股沟疝修补术对男性患者术后疼痛和生殖功能影响的前瞻性随机对照研究J.中华疝和腹壁外科杂志(电子版),2020,14(5):507-511.宏基因组二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎 16 例临床分析郑君1，2，庞迎晨1，曾超1，刘湘泸1，徐平1*（1.北京大学深圳医院呼吸与危重症医学科，广东深圳 518036；2.南山医疗集团总部深圳湾社康中心，广东深圳，518052）摘要：目的总结肺泡灌洗液宏基因组二代测序确诊的鹦鹉热衣原体肺炎的临床特点。方法分析 16 例宏基因组二代测序确诊的鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征、流行病学、实验室结果、治疗及预后。结果有禽类接触史 9 例（56.3%），发热 14 例（87.5%），咳嗽咳痰 12 例（75.0%），胸痛 5 例（31.3%），呼吸困难 5 例（31.3%），腹泻 4 例（25.0%），咯血 2 例（12.5%）、嗜睡 2 例（12.5%），神志不清 2 例（12.5%），呼吸衰竭 2 例（12.5%）；16 例(100.0%)降钙素原升高，12 例(75.0%)中性粒细胞升高，6 例(37.5%)肌酶升高；16 例(100.0%)有肺实变；莫西沙星、多西环素、米诺环素治疗有效。结论 对不明原因社区获得性肺炎患者要注意鹦鹉热衣原体肺炎可能，肺泡灌洗液宏基因组二代测序有助于其早期确诊。关键词：鹦鹉热衣原体；肺炎；肺泡灌洗液；宏基因组二代测序中图分类号：R 563.9 文献标志码：A 文章编号：2096-3610（2023）02-0180-04Clinical analysis of 16 patients with Chlamydia psittaci pneumonia diagnosed by metagenomic next-generation sequencingZHENG Jun1,2,PANG Ying-chen1,ZENG Chao1,LIU Xiang-lu1,XU Ping1*(1.Department of Respiratory and Critical Care Medicine,Shenzhen Hospital of Peking University,Shenzhen 518036,China;2.Shenzhen Bay Community Health Center of Nanshan Medical Group,Shenzhen,518067,China)Abstract:ObjectiveTo summarize the clinical characteristics of Chlamydia psittaci pneumonia(ChP)diagnosed by metagenomic next-generation sequencing(mNGS)of bronchoalveolar lavage fluid(BALF).MethodsClinical characteristics,epidemiology,laboratory results,treatment,and prognosis were analyzed in 16 patients with mNGS-diagnosed ChP.ResultsOf 16 cases,poultry exposure,fever,cough/expectoration,chest pain,dyspnea,diarrhea,hemoptysis,lethargy,confusion,and respiratory failure occurred in 9(56.3%),14(87.5%),12(75.0%),5(31.3%),5(31.3%),4(25.0%),2(12.5%),2(12.5%),2(12.5%),and 2(12.5%),respectively;procalcitonin,neutrophil and creatase were increased in 16(100.0%),12(75.0%),and 6(37.5%)respectively;and pulmonary consolidation was seen in 16(100.0%).Moxifloxacin,doxycycline and minocycline were effective.ConclusionChP should be considered in the differential diagnosis of unexplained community-acquired pneumonia,and mNGS of BALF is helpful in its early diagnosis.Key words:Chlamydia psittaci;pneumonia;bronchoalveolar lavage fluid;metagenomic next-generation sequencing收稿日期：2022-10-19基金项目：深圳市科创委资助项目（JCYJ20190809103203711，JCYJ20210324105411031），深圳市高水平医院建设专项经费（LCYJ2021022）作者简介：郑君（1996-），女，硕士研究生，医师，E-mail:庞迎晨（1997-），女，硕士研究生，医师，E-mail:，为共同第一作者通信作者：徐平（1975-），女，博士，主任医师，E-mail:第2期郑君，等.宏基因组二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎 16 例临床分析181目前，肺部感染病原体复杂程度越来越高，传统的病原微生物检测方法在敏感性、特异性、时效性、信息量等方面存在局限，且对于未知或者罕见的病原微生物，无法快速识别。宏基因组二代测序技术（metagenomics next-generation sequencing，mNGS）直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，能够快速、客观检测临床样本中的较多病原微生物（包括病毒、细菌、真菌、寄生虫），尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断。鹦鹉热衣原体是一种革兰阴性需氧细胞内寄生的病原菌，鸟类是主要宿主。鹦鹉热衣原体肺炎是由鹦鹉热衣原体引起的肺部感染，是社区获得性肺炎的罕见病因，以往由于缺乏快速准确的诊断方法，临床确诊的病例很少，发病率1%，重症患者病死率高。随着 mNGS 逐渐应用于临床，越来越多的鹦鹉热衣原体肺炎被诊断。现收集北京大学深圳医院 2020 年 9月-2022 年 7 月收治的 16 例鹦鹉热衣原体肺炎患者，分析其临床表现、实验室检查、影像学表现特点以及治疗转归，了解应用支气管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid，BALF）mNGS 对鹦鹉热衣原体肺炎诊断的临床意义，从而提高对该病的认识及疗效。1资料和方法1.1病例收集我院呼吸与危重症医学科收治的鹦鹉热衣原体肺炎患者 16 例，均在支气管镜下采集患者BALF，行mNGS 检测，检出鹦鹉热衣原体。1.2方法 1.2.1BALF 的收集及处理根据患者胸部CT 确定病变位置，行支气管镜检查并收集BALF，支气管肺泡灌洗（bronchoalveolar lavage，BAL）检查参照相关专家共识1，具体流程为：（1）部位选择，以病变段优先的原则，若双肺存在弥漫性病变的患者，优先选择右肺中叶或左上叶舌段；（2）注入生理盐水，把支气管镜嵌顿在灌洗部位的支气管段或亚段开口处，注入室温无菌的生理盐水，总量为 4060 mL；（3）负压吸引，注入生理盐水后 1015 s，负压吸引获取支气管肺泡灌洗液，总回收率50%。取肺泡灌洗液 2 mL 送检mNGS 检测，其余BALF 用于传统微生物培养及送其他检查。1.2.2mNGS 检测取 600 L 患者的BALF，送至华大基因测序仪平台（深圳华大基因股份有限公司）进行检测，通过BWA（BWA：http:/bio- 后与专用细菌（6 350 种）、真菌（1 064 种）、病毒（4 945 种）、寄生虫（234 种）4 个微生物大数据库比对，获得能够匹配到某种病原体的序列数，根据序列数的高低以及临床其他检测来判断可能的病原体。2结果2.1一般资料16 例中男 5 例（31.3%），女 11 例（68.7%），有禽类接触流行病学史 9 例（56.3%）。临床症状主要有：发热 14 例（87.5%），咳嗽咳痰 12 例（75.0%），胸痛 5 例（31.3%），呼吸困难 5 例（31.3%），腹泻 4 例（25.0%），咯血 2 例（12.5%）、嗜睡 2 例（12.5%），神志不清 2 例（12.5%），其中出现呼吸衰竭 2 例（12.5%）。2.2mNGS 结果16 例患者BALF mNGS 均检测出鹦鹉热衣原体，序列数为 433 254。2.3实验室检查3 例白细胞计数（WBC）轻度升高，12 例（75.0%）中性粒细胞百分比升高，8 例（50.0%）高敏 C 反应蛋白（hs-CRP）明显升高，16 例（100.0%）降钙素原（PCT）升高，6 例（37.5%）肌酶增高，2 例（12.5%）动脉血氧分压（PaO2）60 mmHg，5 例（31.3%）氧合指数（PaO2/FiO2）300。2.4影像学检查所有患者均有胸部影像学改变，表现为肺部实变、渗出、结节。16 例均有肺实变，15 例（93.8%）为单肺大叶性实变影，1 例为双肺实变（6.3%），1 例合并肺部结节改变（6.3%）。3 例合并少量胸腔积液（18.8%）。胸片或CT 在治疗后 12 周均有吸收。2.5治疗及转归16 例患者中：（1）3 例初始治疗使用莫西沙星针剂单药治疗，23 d 后体温及临床症状恢复，确诊鹦鹉热衣原体肺炎后，联合米诺环素治疗，疗程共 14 d，1014 d 时复查胸部影像学好转；（2）3 例初始治疗方案为莫西沙星联用 内酰胺类抗生素，23 d 后体温恢复正常，确诊后予莫西沙星单药治疗，疗程 14 d；（3）3 例开始使用 内酰胺类抗生素 35 d 无效，改用莫西沙星后症状缓解；（4）2 例予 内酰胺类抗生素无效，36 d 后确诊，调整治疗方案为莫西沙星联合多西环素，均在 12 d 后体温及临床症状恢复；（5）2 例重症患者，1 例初始使用碳青霉烯类抗生素治疗无效，23 d 后确诊后改为莫西沙星联合米诺环素治疗，患广东医科大学学报1822023年 第41卷者 2 d