·48·国际消化病杂志2023年2月第43卷第1期IntJDigDis，February25，2023，Vol.43，No.1·论著·肝细胞癌组织中TRM细胞相关基因的生物信息学分析及功能预测杨昌杰赵宇栋陈小松【摘要】目的应用生物信息学技术分析肝细胞癌（HCC）中组织驻留记忆性T细胞（TRM细胞）的免疫学特性，并分析相关关键基因及其影响的免疫通路。方法从公共数据库平台——癌症基因组图谱（TCGA）下载HCC相关的基因芯片数据，应用单样本基因集富集分析（ssGSEA）对TRM细胞的关键标记基因表达数据进行评分，获得TRM评分，根据TRM评分的最佳截断值分为2组；应用Wilcoxon差异分析获得HCC组织中TRM细胞高度相关的差异表达基因（DEG）；对HCC组织中上调的DEG进行基因本体富集分析（GO）和京都基因与基因组百科全书富集分析（KEGG）后，阐明其参与的免疫信号通路，再用Cytoscape软件的cytoHubba功能、Degree方法筛选出10个关键基因；综合差异表达分析与生存分析结果，筛选出影响HCC组织中TRM细胞的关键基因。结果通过分析HCC的TCGA数据库，发现HCC组织中TRM评分与HCC的临床和免疫特征有关，且TRM评分高的HCC患者的预后较TRM评分低的患者好。根据TRM评分的最佳截断值（0.2950728分）将HCC患者分为高TRM评分组和低TRM评分组进行差异分析，以|logFC|≥2且P＜0.05为条件筛选出上调DEG，通过STING在线网站和Cytoscape软件最终筛选出10个关键基因，其中IL-7R基因对于TRM细胞长期存活具有重要意义，且HCC组织中IL-7R基因低表达与较差的预后相关。结论靶向IL-7R基因有望减轻HCC组织中TRM细胞的浸润程度，促进长期抗肿瘤免疫反应，改善HCC患者的预后。【关键词】肝细胞癌；组织驻留记忆性T细胞；生物信息学分析；IL-7受体DOI:10.3969/j.issn.1673-534X.2023.01.010BioinformaticsanalysisandfunctionalpredictionofgenesassociatedwithtissueresidentmemorycellsinhepatocellularcarcinomatissuesYANGChangjie,ZHAOYudong,CHENXiaosong.DepartmentofLiverSurgery,RenjiHospital,SchoolofMedicine,ShanghaiJiaoTongUniversity,Shanghai200127,China【Abstract】ObjectiveThebioinformaticstechnologywasusedtoanalyzetheimmunologicalcharacteristicsoftissueresidentmemorycells(TRMcells)inhepatocellularcarcinoma(HCC),andtoanalyzetherelatedkeygenesandtheirimmunepathways.MethodsThegenemicroarraydatarelatedtohepatocellularcarcinomaweredownloadedfromthepublicdatabaseplatform(T...
