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生物信息学分析幽门螺杆菌感染差异基因表达情况_程明璟.pdfVIP免费

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[基金项目]国家自然科学基金项目(81960363);云南省地方本科高校基础研究联合专项资金项目(202001BA070001-040);云南省高层次卫生计生技术人才培养项目(H-2019045)[收稿日期]2022-08-01[第一作者简介]程明璟,硕士研究生,主要从事临床微生物感染与免疫研究。*通信作者:赵卫东,副教授,博士,E-mail:wdzhao@dali.edu.cn。幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,H.pylori)感染与胃炎、消化性溃疡、淋巴瘤和胃癌等疾病相关,全球每年新发胃癌病例中约60%与H.pylori慢性感染相关〔1-2〕。因此,H.pylori慢性感染的防治已成为国内外研究的热点问题。深入研究H.pylori慢性感染机制,根除H.pylori感染,是预防胃癌的重要方法〔3〕。针对H.pylori慢性感染的免疫学机制探讨根除H.pylori感染的有效治疗方法,是国内外感染与免疫学领域面临的重大课题。近年来,借助生物信息学分析方法寻找各类疾病发生、发展过程中重要的靶标分子已经成为生物医学领域新的研究热点〔4〕。基于此,本研究利用公开发表数据库中H.pylori感染的相关数据资料,借助生物信息学方法分析H.pylori感染过程中发生显著变化的核心基因及其影响的重要生物学过程,以期为H.pylori感染的根除以及对胃癌的防治提供理论参考。1材料与方法1.1数据收集利用关键词“Helicobacterpylori”“Homosapiens”在美国国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI)创建的基因表达综合(GeneExpressionOmnibus,GEO)数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)进行检索,共检索到665个数据集,经筛选后,3个数据集(GSE6143、GSE60427、GSE60662)成为目标数据集,随后下载3个数据集的基因表达文件,其中,GSE6143数据集来源于GPL193测序平台,共包括24个样本(8个H.pylori阴性样本,16个H.pylori阳性样本);GSE60427数据集来源于GPL17077测序平台,共包括32个样本(8个H.pylori阴性样本,24个H.pylori阳性样本);GSE60662数据集来源于GPL13497测序平台,共包括16个样本(4个H.pylori阴性样本,12个H.pylori阳性样本)。1.2差异表达基因(differentiallyexpressedgenes,DEGs)的筛选利用NCBI网站提供的在线分析软件GEO2R对GSE6143、GSE60427和GSE60662数据集进行DEGs分析,分析时以H.pylori阴性样本为对照组,H.pylori阳性样本为实验组,并计算出每个基因变化倍数的绝对值(|lgFC|)和校正P值,当基因同时满足|lgFC|≥1.0和P<0.05时,该基因被视为生物信息...

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