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六味地黄丸治疗糖尿病视网膜...变网络药理学与分子对接分析_罗颖琳.pdf
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六味地黄丸 治疗 糖尿病 视网膜 网络 药理学 分子 对接 分析 罗颖琳
57第 2 5 卷 第 1 期 2023 年 1 月辽 宁 中 医 药 大 学 学 报JOURNAL OF LIAONING UNIVERSITY OF TCMVol.25 No.1 Jan.,2023六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变网络药理学与分子对接分析罗颖琳1,黄发义1,滕月2,李晓洁1,刘求红2(1.广州中医药大学,广东 广州 510405;2.广州中医药大学第一附属医院,广东 广州 510405)基金项目:国家自然科学基金面上项目(82174441);广东省医学科学技术研究基金项目指令性课题(C2019127)作者简介:罗颖琳(1996-),女,广东广州人,硕士在读,研究方向:中西医结合治疗眼科病。通讯作者:刘求红(1973-),男,安徽芜湖人,教授、主任医师,硕士研究生导师,博士,研究方向:眼底病、斜弱视疾病。E-mail:。摘要:目的 基于网络药理学研究六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy,DR)的潜在机制并利用分子对接进行验证。方法 通过TCMSP数据库平台筛选六味地黄丸的有效成分以及相关靶点,通过疾病数据库(GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库)获取DR相关靶标并预测六味地黄丸治疗DR的潜在靶点。通过STRING网站和Cytoscape3.7.2软件绘制“复方活性成分-交集靶点”网络结构,同时建立PPI网络模型并找到关键靶点。对六味地黄丸治疗DR的靶标进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后采用AutoDock软件实现分子对接。结果(1)获得六味地黄丸活性成分69个,有效成分靶点蛋白203个,DR相关基因3326个,交集靶点121个,核心靶标13个。(2)与DR治疗相关的生物学进程(biological process,BP)包括对脂多糖、氧化应激、化学应激的反应等,KEGG富集分析提示关键的通路涵盖AGE-RAGE、PI3K-Akt、HIF-1信号通路等。(3)分子对接显示槲皮素、薯蓣皂苷、山柰酚、-谷甾醇与核心靶点有良好的亲和力(结合能-5.0 kJmol-1)。结论 AGEs-RAGE、PI3K-Akt、HIF-1、TNF、IL-17等信号通路具有诱导氧化应激、加重炎症刺激、促进新生血管形成的功能,在DR病程中扮演重要的角色,六味地黄丸中的槲皮素、薯蓣皂苷、山柰酚、-谷甾醇通过作用于以上通路,达到对DR的干预效果,延缓病程发展,展现出多组分多环节多靶点的优势。关键词:六味地黄丸;糖尿病视网膜病变;网络药理学;分子对接;作用机制中图分类号:R587.2;R774.1 文献标志码:A 文章编号:1673-842X (2023)01-0057-09Network Pharmacology and Molecular Docking Analysis of Liuwei Dihuang Pills(六味地黄丸)in the Treatment of Diabetic RetinopathyLUO Yinglin1,HAUNG Fayi1,TENG Yue2,LI Xiaojie1,LIU Qiuhong2(1.Guangzhou University of Chinese Medicine,Guangzhou 510405,Guangdong,China;2.The First 12 张翼冠,李晓辉,樊继山,等.炎症促进大鼠动脉粥样硬化初期内皮功能病变机制研究 J .现代生物医学进展,2007,7(10 ):1461-1463.13 赵恒懿,李运伦.血管内皮损伤的机制探讨 J .中国医学创新,2014,11(9 ):137-139.14 中国成人血脂异常防治指南修订联合委员会.中国成人血脂异常防治指南(2016年修订版)J .中华全科医师杂志,2017,16(1 ):15-33.15 郑筱萸.中药新药临床研究指导原则(试行)M .北京:中国医药科技出版社,2002.16 马长颖.血脂异常水平与冠心病发病的相关性研究 J .中国城乡企业卫生,2019,34(1 ):19-21.17 胡月,李潞,赵红丽.血管内皮功能与冠状动脉粥样硬化发生发展的研究进展 J .中西医结合心脑血管病杂志,2018,16(11 ):1525-1528.18 高爽,王臻楠,顾耘.血管内皮细胞功能障碍与动脉粥样硬化关系的研究进展 J .中西医结合心脑血管病杂志,2018,16(20 ):2966-2970.19 傅馨莹,孙正骥,张伟.基于“内皮损伤学说”探讨动脉粥样硬化的中医药防治策略 J .世界中医药,2021,16(11 ):1759-1763.20 谢玉霞,武刚,刘文宁,等.血脂异常冠心病血管内皮损伤机制的研究 J .心血管康复医学杂志,2021,30(3 ):260-264.21 潘玉婷,郭春雨,马晓娟,等.氧化低密度脂蛋白损伤血管内皮细胞的机制及雌激素保护作用 J .中华老年心脑血管病杂志,2014,16(2 ):209-212.22 陈婧,杨惠民,叶超,等.痰浊阻遏证及脾肾阳虚证血脂异常患者椎、基底动脉血流动力学特点及其与ONOO-水平间的相关性研究 J .环球中医药,2019,12(9 ):1323-1328.23 白莎,杨爽,郝春艳.血尿酸与动脉粥样硬化斑块相关性的研究进展 J .广西医学,2021,43(4 ):495-497,505.24 ZHEN H,GUI F.The role of hyperuricemia on vascular endothelium dysfuction J .Blomed Rep,2017,7(4 ):325-330.25 张雪光,洪权,侯剀,等.高尿酸通过miR-155下调eNOS表达而导致内皮细胞功能障碍 J .南方医科大学学报,2013,33(8 ):1141-1145.26 黄芳,李迎,李科宇,等.血尿酸对冠心病患者血管内皮功能影响的研究 J .基层医学论坛,2016,20(4 ):476-477.27 KIMURA Y,YANAGIDA T,ONDA A,et al.Solubie uric acid promotes development of atheroscierosis lesions via enhancement of innate inflammation in mice J .Atherosclerosis,2016,252:e229.28 王宗方,柏战,阮爱兵,等.纤维蛋白原与白蛋白比值和D-二聚体对冠状动脉慢血流现象的预测价值 J .临床心血管病杂志,2021,37(10 ):901-904.29 周芳,文光瑞.纤维蛋白原/白蛋白比值、超敏C反应蛋白/前白蛋白比值与急性冠状动脉综合征经皮冠状动脉介入治疗术后患者预后相关性 J .创伤与急危重病医学,2020,8(2 ):113-116.30 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0.18)以预测其作用靶点,利用UniProt数据库(https:/www.uniprot.org)获取与靶点蛋白匹配的标准基因名称(gene symbol)。1.2 DR相关疾病靶点的收集 设置检索关键词为“diabetic retinopathy”,运用GeneCards数据库预测DR的相关靶点,并将纳入条件设置为相关性评分(relevance score)1分;再通过OMIM、TTD、Drugbank疾病数据库(见表1)挖掘DR相关靶点,对所有靶点进行整合去重后获得DR相关靶点集。表1 数据库及网址数据库网址TCMSPhttp:/ PDBhttps:/www.rcsb.orgPubChemhttps:/pubchem.ncbi.nlm.nih.gov1.3 药物疾病交集靶点的获取运用R语言的Venn程序包,将复方有效成分靶点集与DR相关靶点集进行匹配得到六味地黄丸DR共同靶点,同时制作韦恩图。1.4 复方调控网络与PPI网络模型构建 韦恩图中得到的交集靶点可认为是六味地黄丸-DR的共同作用靶点,采用Cytoscape3.7.2软件实现“复方活性成分-交集靶点”网络可视化展示。Affiliated Hospital of Guangzhou University of Chinese Medicine,Guangzhou 510405,Guangdong,China)Abstract:Objective Based on network pharmacology,explore the potential mechanism of Liuwei Dihuang Pills(六 味 地 黄 丸)in the treatment of diabetic retinopathy(DR)and verify the results by molecular docking.Methods To screen the effective ingredients and corresponding targets of Liuwei Dihuang Pills by the TCMSP database.To obtain DR relevant targets from disease databases(including GeneCards,OMIM,Drugbank,TTD database)and predict the potential targets of Liuwei Dihuang Pills in the treatment of DR.The network of drug active co

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