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金针菇成熟期和伸长期菌盖的转录组与蛋白组比较分析_刘澳.pdfVIP免费

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Researchpaper研究论文22January2023,42(1):312-329菌物学报MycosystemaISSN1672-6472CN11-5180/QDoi:10.13346/j.mycosystema.220170资助项目:国家自然科学基金(31902086);山东省现代农业产业技术体系食用菌产业体系(SDAIT-07-06)ThisworkwassupportedbytheNationalNaturalScienceFoundationofChina(31902086)andtheMushroomTechnologySystemofShandongProvince(SDAIT-07-06).*Correspondingauthor.E-mail:uniwangwei@sdau.edu.cnORCID:LIUAo(0000-0003-2072-9440)Received:2022-05-12;Accepted:2022-07-11菌物学报Copyright©2023InstituteofMicrobiology,CAS.Allrightsreserved.|jwxt@im.ac.cnHttp://journals-myco.im.ac.cnTel:+86-10-64807521312王威山东农业大学讲师、硕士生导师。入选山东省科技特派员、泰安市高层次人才。主持国家自然科学基金、山东省自然科学基金等多个项目。主要从事食药用菌生长发育调控机制、非生物胁迫耐受性等方向的研究。金针菇成熟期和伸长期菌盖的转录组与蛋白组比较分析刘澳,陈宇,亓春龙,吕晓萌,王威*山东农业大学植物保护学院山东省农业微生物重点实验室,山东泰安271018摘要:菌盖是大型真菌的重要组成部分,也是其产生有性孢子的部位,但是其发育机制仍不明确。本研究以金针菇Flammulinafiliformis为材料,采用转录组和蛋白组联合分析的方法,比较分析了金针菇成熟期和伸长期菌盖的差异基因与蛋白,并对其进行GO(geneontology)功能聚类分析、KEGG(Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes)富集分析和蛋白互作网络分析。本研究筛选到差异表达基因有1391个,差异表达蛋白147个,均以上调表达为主。GO功能聚类分析结果表明,催化活性(catalyticactivity)条目富集基因最多,其次是细胞组分(cellpart)、细胞过程(cellularprocess)和细胞器(organelle)。KEGG富集分析结果表明,差异表达基因和蛋白主要富集在碳水化合物代谢通路(carbohydratemetabolism)和氨基酸代谢通路(aminoacidmetabolism)等。本研究选取了9个关键的差异表达基因,使用实时荧光定量PCR(real-timequantitativePCR,RT-qPCR)对其表达量进行了验证。RT-qPCR验证结果与转录组测序结果相一致。蛋白互作网络分析表明,水解酶类、结构域类和转录调节类蛋白为互作网络的主要结点。本研究联合转录组、蛋白组测序数据,通过分析差异基因与蛋白,为深入了解金针菇菌盖发育机制提供数据参考。关键词:金针菇;菌盖发育;转录组;蛋白组[引用本文]刘澳,陈...

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