基于TCGA和GEPIA数...前列腺癌中的表达及临床意义_陆璐.pdf

论 著D O I:1 0.3 9 6 9/j.i s s n.1 6 7 2-9 4 5 5.2 0 2 3.0 4.0 0 6基于T C GA和G E P I A数据库分析C E N P K基因在前列腺癌中的表达及临床意义*陆 璐1,谢光宇2,冯耀宁2,谢正飞2,丁启健2,谢智彬21.桂林医学院临床医学院,广西桂林 5 4 1 0 0 4;2.广西医科大学第五附属医院泌尿外科,广西南宁 5 3 0 0 2 1 摘 要:目的 探讨着丝粒蛋白K基因(C E N P K基因)在前列腺癌中的表达及其临床意义。方法 通过下载癌症基因组图谱(T C GA)和基因表达谱数据交互分析(G E P I A)数据库相关数据,获得4 9 8例前列腺癌患者的mR NA表达水平及临床信息,其中5 2例患者有配对的癌组织与癌旁组织。分析前列腺癌组织中C E N P K基因 mR NA表达水平,分析不同特征前列腺癌患者C E N P K基因 mR NA表达水平,比较C E N P K基因高表达组与C E N P K基因低表达组总体生存时间(O S)及无进展生存期(D F S),基因富集分析明确C E N P K基因调控的相关信号通路。结果 4 9 8例前列腺癌患者的癌组织和癌旁组织中C E N P K基因mR NA的表达水平分别为3.9 2 4 71.0 9 2 9和3.4 0 6 61.1 5 4 5,差异有统计学意义(t=3.2 3 5,P=0.0 0 1)。5 2例配对的前列腺癌组织和癌旁组织中C E N P K基因mR NA的表达水平分别为8.2 0 7 10.2 9 5 2和3.4 0 6 61.1 5 4 5,差异有统计学意义(t=2 8.3 0 9,P4 n g/m L、G l e a s o n评分7分、有肿瘤残留、T分期为T 3T 4期、有淋巴结转移的前列腺癌患者C E N P K基因 mR NA高表达率明显高于无生化复发、P S A4 n g/m L、G l e a s o n评分7分、无肿瘤残留、T分期为T 1T 2 b期、无淋巴结转移的前列腺癌患者,差异有统计学意义(P0.0 5)。C E N P K基因高表达组O S及D F S明显短于C E N P K基因低表达组,差异有统计学意义(P=0.0 4 5、0.0 0 3)。基因富集分析显示,C E N P K基因可能通过碱基切除修复、核苷酸切除修复、基因复制、剪接体、错配修复等通路影响前列腺癌的发生、发展。结论 C E N P K基因在前列腺癌组织中呈高表达,且与临床特征及预后关系密切,可作为前列腺癌较好的诊断标志物。关键词:前列腺癌;着丝粒蛋白K基因;癌症基因组图谱;基因表达谱数据交互分析;生物信息学中图法分类号:R 7 3 7.2 5文献标志码:A文章编号:1 6 7 2-9 4 5 5(2 0 2 3)0 4-0 4 5 5-0 5E x p r e s s i o n a n d c l i n i c a l s i g n i f i c a n c e o f C E N P K g e n e i n p r o s t a t e c a n c e r b a s e d o n T C G A a n d G E P I A d a t a b a s e s*L U L u1,X I E G u a n g y u2,F ENG Y a o n i n g2,X I E Z h e n g f e i2,D I NG Q i j i a n2,X I E Z h i b i n21.C l i n i c a l S c h o o l o f G u i l i n M e d i c a l C o l l e g e,G u i l i n,G u a n g x i 5 4 1 0 0 4,C h i n a;2.D e p a r t m e n t o f U r o l o g y,t h e F i f t h A f f i l i a t e d H o s p i t a l o f G u a n g x i M e d i c a l U n i v e r s i t y,N a n n i n g,G u a n g x i 5 3 0 0 2 1,C h i n aA b s t r a c t:O b j e c t i v e T o i n v e s t i g a t e t h e e x p r e s s i o n a n d c l i n i c a l s i g n i f i c a n c e o f c e n t r o m e r e p r o t e i n K(C E N P K)g e n e i n p r o s t a t e c a n c e r.M e t h o d s B y d o w n l o a d i n g r e l e v a n t d a t a f r o m T C GA a n d G E P I A d a t a b a s-e s,mR NA e x p r e s s i o n l e v e l a n d c l i n i c a l i n f o r m a t i o n o f 4 9 8 p a t i e n t s w i t h p r o s t a t e c a n c e r w e r e o b t a i n e d,a m o n g w h i c h 5 2 p a t i e n t s h a d p a i r e d c a n c e r t i s s u e s a n d a d j a c e n t t i s s u e s.T o a n a l y z e t h e mR NA e x p r e s s i o n l e v e l s o f C E N P K g e n e i n p r o s t a t e c a n c e r t i s s u e s,a n a l y z e t h e mR NA e x p r e s s i o n l e v e l s o f C E N P K g e n e i n p r o s t a t e c a n c-e r p a t i e n t s w i t h d i f f e r e n t c h a r a c t e r i s t i c s,a n d c o m p a r e t h e o v e r a l l s u r v i v a l t i m e(O S)a n d p r o g r e s s i o n-f r e e s u r-v i v a l(D F S)b e t w e e n C E N P K g e n e h i g h e x p r e s s i o n g r o u p a n d C E N P K g e n e l o w e x p r e s s i o n g r o u p.T h e s i g n a l p a t h w a y s r e l a t e d t o C E N P K g e n e r e g u l a t i o n w e r e i d e n t i f i e d b y g e n e e n r i c h m e n t a n a l y s i s.R e s u l t s T h e e x p r e s-s i o n l e v e l s o f C E N P K g e n e mR NA i n p r o s t a t e c a n c e r a n d a d j a c e n t t i s s u e s o f t h e 4 9 8 p r o s t a t e c a n c e r s a m p l e s w e r e 3.9 2 4 71.0 9 2 9 a n d 3.4 0 6 61.1 5 4 5 r e s p e c t i v e l y,t h e d i f f e r e n c e w a s s t a t i s t i c a l l y s i g n i f i c a n t(t=3.2 3 5,P=0.0 0 1).T h e e x p r e s s i o n l e v e l s o f C E N P K g e n e mR NA i n 5 2 m a t c h e d p r o s t a t e c a n c e r a n d a d j a c e n t t i s s u e s w e r e 8.2 0 7 10.2 9 5 2 a n d 3.4 0 6 61.1 5 4 5 r e s p e c t i v e l y,t h e d i f f e r e n c e w a s s t a t i s t i c a l l y s i g n i f i c a n t(t=2 8.3 0 9,P4 n g/m L,G l e a s o n s c o r e 7,r e s i d u a l t u m o r,T s t a g e T 3-T 4 a n d l y m p h n o d e m e t a s t a s i s w e r e s i g n i f i c a n t l y h i g h e r t h a n t h o s e o f p r o s t a t e c a n c e r p a t i e n t s w i t h l o w b i o c h e m i c a l r e c u r r e n c e,P S A4 n g/m L,G l e a s o n s c o r e 7,n o t u m o r r e s i-d u e,T s t a g e T 1-T 2 b a n d n o l y m p h n o d e m e t a s t a s i s,w i t h s t a t i s t i c a l s i g n i f i c a n c e(P1.5,P0.0 1,F D R q0.0 3的通路是显著富集。1.4 统计学处理 采用S P S S 2 3.0统计软件进行数据处理及统计分析。呈正态分布资料以xs表示,组间比较采用t检验;计数资料以例数或百分率表示,组间比较采用2检验。采用K a p l a n-M e i e r生存曲线分析不同C E N P K基因表达情况前列腺患者预后情况。以P 0.0 5为差异有统计学意义。2 结 果2.1 C E N P K基因在前列腺癌组织中的表达情况 4 9 8例前列腺癌患者的癌组织和癌旁组织中C E N P K基因 mR NA表达水平 分别为3.9 2 4 71.0 9 2 9、3.4 0 6 61.1 5 4 5,差异 有统计学意 义(t=3.2 3 5,P=0.0 0 1)。5 2例患者配对的前列腺癌组织和癌旁组织 中C E N P K基 因 mR NA表 达 水 平 分 别 为8.2 0 7 10.2 9 5 2和3.4 0 6 61.1 5 4 5,差异有统计学意义(t=2 8.3 0 9,P0.0 5)。有生化复发、P S A4 n g/m L、G l e a s o n评分7分、有肿瘤残留、T分期为T 3T 4期、有淋巴结转移的前列腺癌患者C E N P K基因 mR-NA高表达率明显高于无生化复发、P S A4 n g/m L、G l e a s o n评分7分、无肿瘤残留、T分期为T 1T 2 b期、无淋巴结转移的前列腺癌患者,差