基金项目:南方医科大学深圳医院科研基金(PY2021YM04);北京肝胆相照公益基金会资助项目(RGGJJ-2021-029)第一作者简介:韩伟佳,博士,研究方向:慢性肝脏疾病的基础与临床。E-mail:424032105@qq.com通讯作者:于海涛,硕士,副主任医师,副教授,研究方向:终末期肝脏的基础与临床。E-mail:2507011976@qq.comdoi:10.3969/j.issn.1006-5709.2023.01.017基于GEO基因芯片数据集的肝性脑病差异表达基因生物信息学分析韩伟佳1,孙颖2,张鹏3,于海涛31.南方医科大学深圳医院消化内科整合微生态诊疗中心,广东深圳518100;2.青岛市第八人民医院消化科;3.青岛市市立医院重症监护室【摘要】目的探索肝性脑病(hepaticencephalopathy,HE)的神经功能损伤的靶点基因以及基因的调控网络,为未来研究HE脑组织损伤的机制提供新思路。方法检索GEO数据库,应用生物信息技术分析方法,筛选差异表达基因(differentiallyexpressedgenes,DEGs),分析调控DEGs的非编码RNAs和调控因子。结果GEO数据库中,GSE41919和GSE57193这两个数据集符合本研究。两个数据集均提示,HE患者存在诸多DEGs。其中,ADORA3等18个上调DEGs在两个数据集中均具有特异性。GO富集和KEGG富集提示,ADORA3等18个DEGs与机体的免疫反应和炎症反应密切相关。调控因子和miRNA在调控ADORA3等18个DEGs中发挥着重要的作用,其中,STAT3家族对于与炎症反应相关和免疫反应相关的DEGs均具有调控作用;miR-137这一与认知功能密切相关的miRNA,也表现出与DEGs的密切相关性。结论HE中的DEGs与疾病的发生发展相关,生物信息学技术的方法为更深入研究HE的发病机制和治疗靶点提供新的思路。【关键词】肝性脑病;差异基因;调控网络中图分类号:R575文献标识码:A文章编号:1006-5709(2023)01-0077-08收稿日期:2021-09-17Keydifferentiallyexpressedgenesandregulatorynetworksanalysisinhepaticen-cephalopathybasedonGEOdatasetsHANWeijia1,SUNYing2,ZHANGPeng3,YUHaitao31.DepartmentofGastroenterology,IntegratedClinicalMicroecologyCenter,ShenzhenHospital,SouthernMedicalUni-versity,Shenzhen518100;2.DepartmentofGastroenterology,QingdaoEighthPeople′sHospital;3.IntensiveCareUnit,QingdaoMunicipalHospital,China【Abstract】ObjectiveToexplorethemechanismsofhepaticencephalopathy(HE)byexploringthetargetgenesandthoseregulatorynetworks.MethodsWesearchedGEOdatabaseandscreeneddifferentiallyexpressedgenes(DEGs)throughbioinf...
