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MS相关的hsa-miR-...p靶基因预测和关键基因筛选_冀彩丽.pdfVIP免费

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MS相关的hsa-miR-17-5p靶基因预测和关键基因筛选冀彩丽1,桑道乾2,宋传旺1(蚌埠医学院1.检验医学院免疫学教研室;2.第一附属医院神经内科,安徽蚌埠233004)摘要:目的对人类miR-17-5p(hsa-miR-17-5p)靶基因预测和富集分析,并结合基因的差异表达寻找多发性硬化症的生物学标志物。方法利用生物信息学方法,预测hsa-miR-17-5p靶基因,对预测结果进行基因本体数据库(GeneOntolo-gy,GO)、京都基因和基因组百科全书(KyotoEncyclopediaofGenesandGenome,KEGG)富集分析,并构建蛋白质互作网络图(Protein-ProteinInteractionNetworks,PPI)。再结合多发性硬化症患者和健康对照组的差异表达基因,进一步筛选出hsa-miR-17-5p对多发性硬化症影响的关键基因。最后,利用RNA22v2验证关键基因是否存在结合位点。结果不同网站预测后,取交集获取376个公共靶基因,这些靶基因有复杂的相互作用,主要存在于胞浆与核质,参与多种转录调控和蛋白质磷酸化等生物学过程,同时也与癌症、病毒感染和免疫系统等信号通路相关;靶基因和多发性硬化症患者的相对下调基因有三个共同基因PDLIM5、KCNB1、BTBD7。进一步验证上述关键基因结合位点,发现仅有PDLIM5存在P值小于0.05的结合位点。结论hsa-miR-17-5p靶基因参与多种生物学过程,而且PDLIM5、KCNB1、BTBD7基因很可能是hsa-miR-17-5p对多发性硬化症产生影响的重要桥梁,其中PDLIM5尤为重要。关键词:多发性硬化症;hsa-miR-17-5p;生物信息学;基因中图分类号:R744.51文献标识码:A文章编号:1001-7550(2023)01-0038-06基金项目:蚌埠医学院“512人才培育计划”项目(by51201103);蚌埠医学院科研创新团队项目(BYKC201902)作者简介:冀彩丽(1995-),女,硕士研究生,研究方向:细胞免疫。通讯作者:宋传旺,教授,研究方向:细胞免疫。MS-associatedhsa-miR-17-5ptargetgenepredictionandbioinformaticsanalysisJICai-lietal(DepartmentofImmunology,CollegeofLaboratoryMedicine,BengbuMedicalCollege,Bengbu233030,China)Abstract:ObjectiveTopredictandenrichtheanalysisofhumanmiR-17-5p(hsa-miR-17-5p)targetgenesandtosearchforbiologicalmarkersformultiplesclerosis(MS)incombinationwithdifferentialexpressionofthegenes.MethodsUsingabioinfor-maticsapproach,hsa-miR-17-5ptargetgeneswerepredicted.ThepredictedresultswereanalyzedbyGeneOntology(GO),...

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