广西医科大学学报JOURNALOFGUANGXIMEDICALUNIVERSITY2022Dec；39（12）m7G甲基化相关基因与HIV-INR患者免疫特征的关联性研究*杨茜萍，韦宜汝，黄颉刚∆（广西医科大学公共卫生学院广西艾滋病防治研究重点实验室，南宁530021）摘要目的：探讨N7-位鸟苷（m7G）甲基化相关基因在HIV-1无免疫应答患者（HIV-INR）体内的变化及其与免疫功能的相关性。方法：基于多个GEO数据集，利用R语言软件包识别出m7G甲基化相关差异基因（DMGs），利用广义线性模型（GLM）和支持向量机（SVM）以及列线图模型预测特征基因，与患者单样本基因集富集分析（ssGSEA）免疫细胞浸润进行相关性分析。共识聚类对差异基因等进行m7G聚类亚型分析，亚型之间的差异基因构建GO和KEGG富集通路等。结果：最佳模型SVM筛选出特征基因EIF3D和SNUPN，且与HIV-INR患者的免疫功能具有较强相关性。患者m7G聚类可以分为a、b两个亚型，亚型之间的m7G评分等存在显著差异，其上调、下调基因所富集的通路不同，与心肌缺血等严重非艾滋病事件相关。结论：m7G甲基化特征基因EIF3D、SNUPN的模型预测结果对HIV-INR患者的预后具有重要价值，可能是应对患者长期高效抗逆转录病毒治疗（HAART）下免疫反应障碍的新靶点。关键词HIV-1；m7G甲基化；诊断；共识聚类中图分类号：R512.91；R394.4文献标志码：A文章编号：1005-930X（2022）12-1903-08DOI：10.16190/j.cnki.45-1211/r.2022.12.006Studyontherelationshipbetweenm7Gmethylation-relatedgenesandimmunefeaturesinHIV-INRpatientsYangXiping,WeiYiru,HuangJiegang.(SchoolofPublicHealth,GuangxiMedicalUniversity,GuangxiKeyLaboratoryofAIDSPreventionandControlResearch,Nanning530021,China)AbstractObjective:ToinvestigatethechangesofthegenesrelatedtothemethylationofguanosineonN7posi-tion(m7G)inHIV-1non-immuneresponsepatients(HIV-INR)anditscorrelationwithimmunefunction.Meth-ods:BasedontheGeneExpressionOmnibus(GEO)datasets,them7Gmethylation-relateddifferentialgenes(DMGs)wereidentifiedbyRlanguagesoftwarepackage,thefeaturegeneswerepredictedbygeneralizedlinearmodel(GLM),supportvectormachine(SVM)andlinegraphmodel,andthecorrelationbetweenthemandim-munecellinfiltrationwasanalyzedbysinglesamplegenesetenrichmentanalysis(ssGSEA).Consensuscluster-ingwasusedtoanalyzetheclusteringsubtypesofDMGs,andtheGe...
